Ero klonatsepaamin ja alpratsolaamin välillä on melko vähäinen, koska lääkkeet kuuluvat bentsodiatsepiiniperheeseen ja niillä on samanlainen vaikutus. Molempia hoitoja käytetään ahdistuneisuushäiriöihin, mutta klonatsepaamia määrätään usein myös kohtauksiin. Näiden lääkkeiden annokset ovat myös joissakin tapauksissa erilaisia. Jos potilas esimerkiksi käyttää alpratsolaamia paniikkihäiriöiden hoitoon, hän tarvitsee 0.5 milligrammaa (mg) kolme kertaa päivässä, mutta jos sama potilas käyttää klonatsepaamia, hänelle annetaan vain 0.25 mg kahdesti päivässä.
Klonatsepaami ja alpratsolaami voidaan erottaa helpoimmin olosuhteista, joita niitä tyypillisesti käytetään hoitoon. Vaikka molemmat hoidot soveltuvat käytettäväksi potilailla, joilla on ahdistuneisuushäiriöitä, klonatsepaamia voidaan käyttää myös kouristuskohtauksista kärsivien potilaiden hoitoon. Lääkettä voidaan käyttää petit mal -kohtausten, akineettisten kohtausten ja myoklonusten hoitoon. Sitä vastoin alpratsolaamia käytetään vain ahdistuneisuushäiriöiden ja paniikkikohtausten hoitoon. Tämä ero klonatsepaamin ja alpratsolaamin vaikutuksissa voidaan selittää niiden kemiallisten rakenteiden ja sisällön erotuksella.
Näiden lääkkeiden annokset voivat vaihdella, vaikka niitä käytettäisiin samojen tilojen hoitoon. Paniikkikohtaukset ovat yksi ehto, johon molempia hoitoja voidaan käyttää, ja tämä tila osoittaa eron lääkkeen annoksissa. Potilaat, jotka käyttävät alpratsolaamia paniikkikohtauksiin, tarvitsevat 0.5 mg: n annoksia kolme kertaa päivässä. Klonatsepaamiannokset ovat yleensä pienempiä ja niitä on annettava harvemmin. Vaikka molempia voidaan suurentaa tarpeen mukaan, klonatsepaamin aloitusannos on vain 0.25 mg kahdesti vuorokaudessa, mikä on yhteensä 1 mg päivässä.
Klonatsepaamin ja alpratsolaamin väliset samankaltaisuudet ovat ilmeisempiä kuin niiden erot, koska lääkkeet kuuluvat samaan yleiseen luokkaan. Bentsodiatsepiinilääkkeet korostavat gamma-aminovoihapon (GABA) vaikutuksia, joka on aivoissa esiintyvä välittäjäaine. Välittäjäaineita voidaan periaatteessa pitää kemiallisina sanansaattajina, ja lääkärit uskovat niiden liittyvän suoraan ahdistukseen ja mielialahäiriöihin. GABA on välittäjäaine, joka hidastaa aivojen toimintaa. Paniikki- tai ahdistuneisuushäiriöpotilailla liiallinen aivotoiminta voi olla hyökkäysten katalysaattori.
Tämä sekä klonatsepaamin että alpratsolaamin vaikutus aivojen yleisen toiminnan vähentämiseen voi johtaa useisiin sivuvaikutuksiin. Esimerkiksi molemmat hoidot voivat aiheuttaa yleistä sedaatiota jopa pieninä annoksina, ja suuremmilla annoksilla alpratsolaami voi myös aiheuttaa puhe- ja muistiongelmia ja yleistä väsymystä. Molemmat hoidot voivat myös aiheuttaa vieroitusoireita, jos niitä käytetään pitkään ja sitten lopetetaan.