Ero mainos- ja haittaohjelmien välillä on se, että mainosohjelmat on suunniteltu altistamaan ihmiset ei-toivotulle mainokselle, tyypillisesti ponnahdusikkunoiden muodossa, ja haittaohjelmat on suunniteltu tarkoituksellisesti vahingoittamaan henkilön tietokonetta tai aiheuttamaan viruksen leviäminen tietokoneverkkoon. Mainosohjelmien ei yleensä ole tarkoitus vahingoittaa henkilön tietokonetta tai verkkoa, mutta ponnahdusmainosten taajuus voi hidastaa tietokoneen nopeutta kokonaisuudessaan. Molempia ohjelmistotyyppejä voidaan tyypillisesti välttää, jos mainos- ja haittaohjelmilta suojaavia ohjelmia on asennettu. Ihmiset, joilla ei ole näitä ohjelmia järjestelmiensä suojaamiseen, voivat päätyä käyttämään paljon rahaa palkatakseen asiantuntijan tietokonevaurioiden korjaamiseksi.
Monet ihmiset kokevat, että mainosohjelmat, vaikka niiden tarkoituksena ei yleensä ole vahingoittaa tietokonetta, loukkaavat yksityisyyttä. Tämä johtuu siitä, että mainosohjelmia luovilla ihmisillä on tapoja seurata web -selaustottumuksia, jotta he voivat kohdistaa paremmin tietyntyyppisiä mainoksia ihmisille. Jos henkilö esimerkiksi etsii usein ostettavia tai vuokrattavia taloja, hän voi alkaa vastaanottaa paljon ärsyttäviä ponnahdusmainoksia, jotka liittyvät kiinteistöihin. Monet ihmiset yrittävät poistua näistä mainoksista napsauttamalla mainoksen asianmukaista painiketta, ja heidät viedään kokonaan eri sivustoon, yleensä yrittäen myydä heille jotain. Adware -ohjelman luonut henkilö saa yleensä jonkinlaisen korvauksen mainoksen napsautuksista.
Mainosohjelmia ja haittaohjelmia pidetään yleensä ongelmallisina, mutta haittaohjelmat ovat tyypillisesti paljon vaarallisempia henkilön tietokoneelle kuin mainosohjelmat, ja ne luodaan usein arkaluonteisten tietojen varastamiseksi. Ihmiset, jotka saavat viruksia tai matoja tietokoneilleen, jotka ovat haittaohjelmien kahta muotoa, voivat olla vaarassa saada salasanansa, luottokorttitietonsa ja kaikki muut tietokoneeseen syöttämänsä henkilökohtaiset tiedot. Virukset voivat manipuloida tietokoneen tärkeitä asetuksia saadakseen sen toimimaan hyvin hitaasti, käynnistämään itsensä uudelleen odottamatta ja aiheuttamaan muita vastaavia ongelmia. Matoja luodaan usein tarttumaan paitsi yhden henkilön tietokoneeseen myös kaikkien muiden henkilöiden tietokoneisiin, joihin yksilö on yhteydessä sähköpostin kautta tai tietokoneverkon kautta.
On olemassa monia ohjelmistoja, jotka on varustettu mainosohjelmilla, ja kun henkilö asentaa ohjelmiston, hän saattaa myös asentaa mainosohjelman huomaamatta sitä. Mainosohjelmat voivat toisinaan johtaa haittaohjelmiin, jos henkilö napsauttaa mainosmainosta, joka vie hänet epäilyttävälle sivustolle. Paras tapa tavalliselle henkilölle suojautua mainos- ja haittaohjelmilta on asentaa ohjelmisto suojaamaan molempia vastaan. Monet ihmiset eivät pidä ajatuksesta käyttää virustentorjuntaohjelmistoa tietokoneissaan, koska he saattavat pelätä, että taustalla toimiva ohjelmisto hidastaa järjestelmien toimintaa, mutta tietokoneen suojaamiseen suunnitellun ohjelmiston käyttö voi lopulta säästää paljon rahaa tietokoneen korjaamiseen pitkällä aikavälillä.