Perinteisen ja vaihtoehtoisen lääketieteen aloilla on kolme pääasiallista eroa. Perinteinen lääketiede perustuu ensisijaisesti tehokkuustutkimuksiin hoitojen perustana verrattuna vaihtoehtoisiin hoitomuotoihin, jotka eivät yleensä vaadi korkeatasoista tieteellistä näyttöä. Vaihtoehtoiset lääkärit katsovat tyypillisesti potilaan terveyttä kokonaisuutena hoitojen perustana, kun taas perinteiset lääketieteen ammattilaiset katsovat usein vain kehon ongelma -aluetta. Koulutuksellinen pätevyys ja lupastandardit voivat myös olla tiukempia tavanomaisille lääkäreille verrattuna vaihtoehtoisiin lääkäreihin.
Perinteistä lääketiedettä kutsutaan myös tieteelliseksi lääketieteeksi, koska lääkärit valitsevat tavan valita potilaalle sopivat hoidot. Kliiniset tutkimukset, joissa tarkastellaan ihmisiä, joilla on tietty ongelma, ja siitä, miten tietty hoito hyödyttää heitä, ovat perinteisen lääketieteen perusta. Tämä menetelmä, jolla tarkistetaan, toimiiko hoito ja kuinka hyvin se toimii, antaa lääkäreille mahdollisuuden hylätä hoidot, jotka eivät ole tehokkaita, ja ottaa käyttöön potilaalle edullisempia hoitoja. Perinteinen ja vaihtoehtoinen lääketiede eroavat toisistaan siinä, että vaikka vaihtoehtoiset lääkärit voivat viedä hoitonsa kliinisen tutkimusprosessin läpi, se ei ole olennainen osa hoidon valintaprosessia.
Esimerkkejä tavanomaisista lääketieteellisistä käytännöistä ovat kemoterapia, leikkaukset ja rokotukset. Vaihtoehtoisia hoitoja ovat akupunktio, homeopatia ja herbalismi. Vaihtoehtoiset hoidot ovat teknisesti sellaisia, joita ihmiset valitsevat perinteisen hoidon sijasta, kun taas täydentäviä hoitoja ovat ne, joita potilaat valitsevat, samoin kuin tavanomainen lääketieteellinen hoito.
Yksi syy siihen, miksi henkilö voi katsoa perinteistä ja vaihtoehtoista lääketiedettä ja valita jälkimmäisen, on se, että lääkärit katsovat yleensä ensisijaisesti kehon ongelman kohtaa ja saattavat laiminlyödä muun kehon. Vaihtoehtoiset harjoittajat yrittävät yleensä hoitaa koko kehoa kokonaisvaltaisesti. Tämä voi sopia paremmin hengellisiin tai filosofisiin tapoihin tarkastella sairautta ja voi myös antaa potilaalle tunteen, että hän voi hallita enemmän kehoaan verrattuna tavanomaisen lääketieteen ammattilaisen mahdollisesti autoritaarisempaan lähestymistapaan. Perinteisen ja vaihtoehtoisen lääketieteen ammattilaiset voivat myös olla eri mieltä sairauksien syistä, ja perinteiset lääkärit keskittyvät tieteelliseen tutkimukseen.
Yleensä jos vaihtoehtoinen lääketiede toimii tehokkaasti ja voi menestyksekkäästi läpäistä kliinisen tutkimusprosessin, siitä tulee osa perinteistä lääketiedettä. Esimerkki on lääketieteellinen marihuana, jolla on oma paikkansa perinteisessä kasviperäisessä lääketieteessä, mutta se ei ollut hyväksytty lääke ennen kuin se läpäisi kliiniset tutkimukset ja yleistyi perinteisessä lääketieteessä. Koska perinteiset lääketieteen ammattilaiset ovat varovaisia uusista hoidoista, kunnes ne voidaan todistaa turvallisiksi ja tehokkaiksi, lääkärit luottavat yleensä perinteisiin lääkkeisiin vaihtoehtoisten hoitojen sijaan. Mahdolliset vaarat vaihtoehtoisille korjaustoimenpiteille sisältävät myrkytyksen tai ruumiinvamman, tai jos hoito ei toimi ollenkaan, potilas voi kärsiä peruuttamattomista vaurioista, jotka olisi ehkä voitu välttää nopealla tavanomaisella hoidolla. Tyypillisesti perinteisten vaihtoehtojen riskit ovat tunnettuja, samoin kuin hyödyt.
Koska vaihtoehtoisen lääketieteen ala sisältää niin monia erilaisia käytäntöjä, jotka eivät useinkaan perustu hoitoihin, jotka kestävät kliinisten tutkimusten tiukan sääntelyn, viranomaisten sääntely kentän alalla voi olla heikompaa kuin tavanomaiset lääkärit. Tyypillisesti lääkärin tai sairaanhoitajan on tavanomaisessa lääketieteellisessä järjestelmässä suoritettava korkea koulutus ja saatava lupa harjoittaakseen lääketiedettä, kun taas vaihtoehtoisen lääkärin ei ehkä tarvitse noudattaa valtion standardeja ollenkaan, vaan noudattaa asetettuja ohjeita. alan elimen toimesta.