Termit “seminaari” ja “raamatullinen korkeakoulu” käytetään usein keskenään, mutta vaikka termit liittyvät toisiinsa, ne eivät yleensä ole synonyymejä. Raamatun korkeakoulu ja seminaari ovat molemmat korkeakouluja, ja molemmat keskittyvät johonkin raamatun tutkimuksen osaan; molemmat voivat myös myöntää tutkinnon teologiasta tai uskonnonopetuksen osista. Se on niiden toimielinten yleinen tarkoitus, joissa ero on. Suurimman osan ajasta raamatulliset oppilaitokset ovat perustutkinto -oppilaitoksia, jotka keskittyvät oppimaansa pyhiä kirjoituksia ja tarjoavat tutkintoja uskonnollisista aiheista, mutta tarjoavat yleensä myös taiteen ja tieteen valtavirran tutkintoja. Seminaarit sen sijaan ovat yleensä jatko -oppilaitoksia, jotka ovat täysin omistautuneet valmistelemaan opiskelijoita uskonnollisiksi johtajiksi.
Yleensä opiskelijat haluavat osallistua raamatulliseen korkeakouluun ja seminaariin eri syistä. Raamatun oppilaitokset laskutetaan tavallisesti tavallisiksi korkeakouluiksi, vain raamatullisella kaltevuudella. Kristillisistä taustoista tulevat opiskelijat, jotka haluavat yliopistokampusyhteisön, joka vaalii uskomuksiaan, valitsevat usein osallistumisensa raamatullisiin oppilaitoksiin. Seminaari on tarkoitettu opiskelijoille, jotka haluavat jatkaa palvelutehtävää.
Useimmat raamatulliset oppilaitokset vaativat tietyn määrän luottotuntia raamatuntutkistelussa tai muissa uskonnon tunneissa, mutta tarjoavat usein maallisten koulujen vastaavia koulutusohjelmia. Raamatun korkeakouluista valmistuneilla opiskelijoilla on vankka perusta raamatullisessa teologiassa, mutta he voivat jatkaa erilaisia urapolkuja. Raamatun oppilaitokset eivät yleensä kouluta oppilaita mihinkään tiettyyn ammattiin, vaan pyrkivät tarjoamaan laajan-mutta raamatullisen-korkeakouluopetuksen. Raamatun korkeakoulututkinto voi olla monella alalla. Raamatun korkeakoulu ja seminaari ovat tässä suhteessa ensisijaisesti erilaisia.
Seminaarin päätavoite on kouluttaa tulevia kirkon johtajia. Useimmat seminaarit ovat jatko-oppilaitoksia, mikä tarkoittaa, että ne tarjoavat vain maisterin ja tohtorin tutkintoja. Perustutkinto vaaditaan yleensä ennen seminaariin osallistumista. Jotkut seminaarit edellyttävät hakijoilta aiempaa uskonnon tai teologian tutkintoa, kuten raamatullisesta korkeakoulusta saataisiin, mutta eivät kaikki.
Seminaariopiskelijat suorittavat seminaarissaan kursseja, jotka on räätälöity valmistautumaan tiettyyn työhön kirkossa. Diakonien, pappien ja pastorien on yleensä oltava valmistuneet seminaarista, ennen kuin heidät voidaan nimittää johtamaan kirkkoja. Monilla maallikoilla on myös seminaarin tutkinto.
Toinen ero raamatullisen yliopiston ja seminaarin välillä on usein kirkkokunta. On olemassa erilaisia raamatullisia oppilaitoksia. Vaikka jotkut ovat läheisesti linjassa tietyn kirkon kanssa, monet muut ovat uskontokuntien välisiä ja keskittyvät yhteiseen raamatulliseen historiaan erityisten kirkkoperinteiden lisäksi. Seminaarit ovat melkein aina yhden kirkon. Raamatun korkeakoulun valitseminen tai seminaarin valitseminen monta kertaa riippuu oppilaan kirkkokunnasta.
Jokaisella kristillisellä kirkkokunnalla on erilaiset vaatimukset johtajiltaan. Joissakin kirkoissa, kuten roomalaiskatolisessa kirkossa, pappeus on varattu miehille. Katoliset seminaarit ovat siten avoimia vain miehille, ja tarjolla olevat oppitunnit, kurssit ja tutkinnot ovat luonteeltaan nimenomaan katolisia. Seminaarit noudattavat perustavan kirkkokuntansa opetuksia ja yleensä valmistavat oppilaita palvelukseen tietyssä kirkossa.
Joskus koulu tarjoaa sekä raamatullisen korkeakoulun että seminaarin. Molemmat jakavat usein tiedekuntaa, mutta opiskelijat rajoittuvat yleensä yhteen ohjelmaan. Raamatun korkeakoulututkinto voi johtaa pääsemiseen seminaariin, ja samojen koulujen isännöiminen yhdellä kampuksella helpottaa siirtymistä. Yleensä raamatullisessa korkeakoulussa ja seminaarissa käymisen välillä ei kuitenkaan ole suoraa korrelaatiota.