Vaikka rootkit ja virus ovat molemmat haittaohjelmia tai haittaohjelmia, niitä käytetään tyypillisesti eri tarkoitusten saavuttamiseen tietokonehyökkäyksessä. Rootkit asennetaan yleensä tietokonejärjestelmään, jotta valtuuttamaton käyttäjä voi jatkaa pääsyä kyseiseen järjestelmään tai piilottaa muun tyyppisten haittaohjelmien läsnäolon ja toiminnan. Virukset puolestaan ovat haittaohjelmatyyppejä, jotka tyypillisesti on suunniteltu hyökkäämään tietokonejärjestelmään hyvin erityisellä tavalla ja saavuttamaan tietty tavoite.
Huolimatta siitä, että rootkit ja virus ovat molemmat haittaohjelmien muotoja, niitä käytetään eri tehtävien saavuttamiseen. Rootkit on haittaohjelma, joka voidaan asentaa tietokoneeseen käyttöjärjestelmän eri tasoilla ja sitten peittää muita toimintoja. Tämäntyyppinen ohjelma tartuttaa tyypillisesti tietokoneen käyttöjärjestelmän “juuren”, josta nimi tulee, jolloin järjestelmässä voi tapahtua muita toimintoja, jotka sitten rootkit piilottaa. Juuripakettia käytetään usein luomaan takaoven sisäänkäyntipiste tietokonejärjestelmään, jota luvaton käyttäjä voi käyttää päästäkseen kyseiseen järjestelmään tulevaisuudessa, tai sitä voidaan käyttää viruksen tai muun tyyppisen haittaohjelman aiheuttaman tartunnan piilottamiseen.
Suurin ero rootkitin ja viruksen välillä on se, että virus ei yleensä peitä muiden ohjelmien toimintaa tai salli pääsyä järjestelmään. Virus kehitetään tyypillisesti tietyn vaikutuksen saavuttamiseksi, usein käynnistämällä hyökkäys tiettyä tietokonejärjestelmää vastaan. Vaikka virus voi olla melko lepotilassa tietokonejärjestelmässä ja pysyä piilossa, kunnes tietty tapahtuma aktivoi viruksen, se luodaan yleensä käynnistämään hyvin erityinen hyökkäys saastuttamaansa järjestelmään.
On myös joitain suuria eroja siinä, miten rootkit ja virus voidaan poistaa tietokonejärjestelmästä tai käyttöjärjestelmästä. Virukset voidaan usein löytää ja poistaa virustentorjuntaohjelman käyttäjän kautta, vaikka hyvin uudet virukset voivat välttyä havaitsemiselta jonkin aikaa. Rootkit -paketin löytäminen voi kuitenkin olla erittäin vaikeaa, ja siihen liittyy yleensä erittäin monimutkaisia suojausmenettelyjä, ja lähes mahdotonta poistaa. Tietokoneen kiintolevy on ehkä tyhjennettävä kokonaan ja käyttöjärjestelmä asennettava uudelleen rootkitin poistamiseksi tietokoneesta. Lopulta kuitenkin sekä rootkit että virus voivat olla erittäin tuhoisia tietokoneelle, ja jokaisen tietokoneen käyttäjän on pyrittävä välttämään kaikenlaisia haittaohjelmia.