Rotilla ja hiirillä on monia eroja ja yhtäläisyyksiä. On haastavaa määrittää tiettyjä ero- ja yhteisyysalueita, koska molempia eläimiä on useita tyyppejä. Yleensä kahta lajia verrataan arvioimalla eroja hiirien (Mus musculus) ja Norjan tai mustien rottien (Rattus norvegicus ja Rattus rattus) välillä. Niitä voidaan kutsua myös lemmikkirottiksi tai hiireksi tai kunkin lajin kotieläiminä.
Hiiret ja rotat eivät voi risteytyä, vaikka ne liittyvät toisiinsa. Evoluutiobiologit uskovat, että näillä kahdella lajilla on esi -isä, pitkälti samalla tavalla kuin tiikerit ja gepardit ovat luultavasti sukulaisia. Jokainen eläinlaji kehittyi eri tavalla ja valitsi tiettyjä ominaisuuksia, jotka näyttivät auttavan eniten selviytymisessä.
Yksinkertaisesti visuaalisesta näkökulmasta huomaat välittömän eron norjalaisten tai mustien rottien ja kotihiirien välillä. Rotat ovat paljon suurempia. Kypsyessään ne painavat noin 12.35–22.93 g (350–650 unssia) ja niiden pituus on noin 9–11 tuumaa (22.86–27.94 cm). Heillä on pitkät hännät, joiden keskimääräinen pituus on 8 cm. Heidän hännänsä ovat paksut ja raskaat.
Hiiri voi päinvastoin olla kymmenesosa rotan painosta ja painaa noin 1-1.76 unssia (30-50 grammaa). Hiiret ovat lyhyempiä, noin puolet rotista. Niiden keskimääräinen kehon pituus on noin 3-4 cm (7.62-10.16 tuumaa), ja hännät voivat olla hieman tasaisemmin tasapainossa kehonsa kanssa, mitat noin 3-4 tuumaa. Hiiren hännät ovat hyvin ohuita ja toisinaan tuskin havaittavissa verrattuna paljon leveämpään ja pidempään rotan häntään.
Ainakin edellä mainittujen lajien rotilla ja hiirillä verrattuna rotan korvat ovat yleensä pienempiä suhteessa päänsä, ja ne voivat näyttää suuremmilta ja typerämmiltä piirteiltä kuin heidän kaukaiset sukulaisensa. Hiirillä on yleensä herkkiä piirteitä ja enemmän teräviä kasvoja kuin rotilla. Kromosomaalisesta näkökulmasta erot ovat vieläkin silmiinpistävämpiä.
Vaikka rotilla ja hiirillä on suhde, niiden eri lajit ovat erilaisia mikroskooppisella tasolla. Rotilla on suurempi määrä kromosomipareja, 22, verrattuna hiiren 20 pariin. Kun niitä pidetään yhdessä lemmikkeinä, ne voivat aiheuttaa ongelmia toisilleen. Rotat voivat tappaa hiiriä ja syödä hiiriä, yleisimmin kotieläimissä, ja rottien läsnäolo kotona voi häiritä vakavasti hiirtä. He voivat lisääntyä vähemmän tai olla paniikissa. Jos haluat sekä rotat että hiiret lemmikkeinä, sinun kannattaa harkita niiden pitämistä erillisissä huoneissa.
Jos harkitset kumpaakin eläintä lemmikiksi, rotat ovat yleensä parempi valinta. Ne ovat yleensä älykkäämpiä ja liittyvät paremmin ihmisiin kuin hiiret. Poikkeuksia on, ja hienoja hiirieläimiä on olemassa. Yleensä rotat ovat kuitenkin paras ja helpommin koulutettava lemmikki.
Nämä erot rotilla ja hiirillä voivat muuttua eri lajien mukaan. Molemmilla on melko lyhyt elinikä luonnossa, noin 70% kuolee ennen vuoden ikää. Vankeudessa elinikä voi olla samanlainen. Hiiret voivat elää pidempään, noin viisi vuotta, mutta monet kuolevat kahden tai kolmen vuoden iässä. Rotat voivat elää vankeudessa noin kolme-neljä vuotta. Näiden eläinten lyhyt elinikä ei välttämättä tee niistä ihanteellisia lemmikkejä pikkulapsille.