Keskeinen ero sähköisen kaupankäynnin ja sähköisen liiketoiminnan välillä on se, että sähköinen kaupankäynti on laajemman sähköisen liiketoiminta-alueen osa ja kattaa vain sähköisen liiketoiminnan ulkoiset näkökohdat. Näitä ulkoisia prosesseja ovat kaikki sähköisen liiketoiminnan osa-alueet, jotka vaikuttavat asiakkaisiin, toimittajiin ja reuna-kumppaneihin. Sähköisen liiketoiminnan laajempi rajaaminen sisältää sekä ulkoisia että sisäisiä prosesseja. Esimerkkejä sisäisistä menettelyistä ovat rahoitus, varastojen valvonta, tuotantoprosessit, henkilöstö ja web -kehitys.
Sähköisellä kaupankäynnillä tarkoitetaan hyvin yksinkertaisesti rahan vaihtamista tavaroihin tai palveluihin sähköisten verkkojen kautta. Mutta varsinainen myynti kuuluu sähköisen kaupankäynnin luokkaan, mutta uusien asiakkaiden kouluttamista, säilyttämistä ja houkuttelemista pidetään sähköisenä liiketoimintana. Sähköinen kaupankäynti on olennainen osa koko sähköisen liiketoiminnan strategiaa, mutta se on vain yksi osa sähköisen liiketoiminnan suunnitelmaa.
Sähköisessä kaupankäynnissä ja sähköisessä liiketoiminnassa on useita elementtejä, jotka tekevät niistä selvästi erilaisia. yhdessä työskennellessä toinen vaikuttaa kuitenkin suoraan toisen tuloksiin. Verkkokauppa keskittyy vain niihin sähköisen liiketoiminnan osiin, joiden kanssa kuluttaja, toimittaja tai ulkoinen kumppani on vuorovaikutuksessa. Asiakaspalvelu, myynti, tilausten vastaanottaminen ja toimitus, kaupalliset verkkosovellukset sekä tuotantomateriaalien ja toimistotarvikkeiden hankinta ovat kaikki ulospäin suuntautuvia prosesseja, joten ne luokitellaan sähköiseksi kaupankäynniksi.
Pienille yrityksille tai aloitusvaiheessa oleville yrityksille verkkokaupan ja sähköisen liiketoiminnan ero ei välttämättä ole suuri huolenaihe. Loppujen lopuksi uuden liiketoiminnan tavoitteena on herättää kiinnostusta ja myydä tuotteita tai palveluita. Mutta yrityksen kasvaessa myös yrityksen näkökulma kasvaa. Asioista, kuten asiakkaiden säilyttäminen, varastonhallinta ja markkinointistrategiat, tulee ensiarvoisen tärkeää yrityksen jatkuvan menestyksen kannalta. Suuressa yrityksessä keskitytään näihin kulissien taakse ja luodaan laajempi sähköisen liiketoiminnan malli; jos yritys ei pysty keskittymään näihin näkökohtiin, liiketoiminnan tulevaisuus voi olla vaarassa.
Sähköisen liiketoimintastrategian luominen korostaa eroja verkkokaupan ja sähköisen liiketoiminnan välillä. Tämä laajempi soveltamisala tarkoittaa usein koko yrityksen uudelleenorganisointia. Oikean ajankohdan määrittäminen tällaiselle rakenteelliselle muutokselle on ratkaisevan tärkeää sen menestymiselle. Uusia näkökulmia tuodaan mukaan, liiketoiminnan vastuut vaihtavat omistajaa ja opitaan perusteellisempia ymmärryksiä sähköisistä verkkoteknologioista.
Internet-markkinoinnin asiantuntijat ja yritysasiantuntijat ovat yhtä mieltä siitä, että sähköisen liiketoimintasuunnitelman ja vankan sähköisen kaupankäynnin divisioonan luominen on elintärkeää yrityksen pitkäikäisyyden kannalta. Jopa hallituksia on neuvottu osallistumaan sähköisen liiketoiminnan peliin. Hallituksen kokonaissuunnitelmaa kutsutaan sähköisen julkisen palvelun strategiaksi, josta sähköisellä kaupankäynnillä on roolinsa.