UNIX® ja Linux® ovat kahdenlaisia käyttöjärjestelmiä, jotka voivat olla käyttäjän näkökulmasta melko samanlaisia, mutta sisäisesti hyvin erilaisia. Käyttöjärjestelmän (OS) ytimet on rakennettu eri tavalla ja vaativat erilaisia laiteajureita. Linux®-käyttöjärjestelmät ovat usein täysin avoimen lähdekoodin ohjelmistoja, kun taas monet UNIX®-toteutukset eivät ole. Yritykset, hallitukset ja opiskelijat käyttävät usein UNIX®- ja Linux® -laitteita monenlaisiin laskentatehtäviin. Niitä käytetään myös monissa kannettavissa laitteissa, kuten matkapuhelimissa, henkilökohtaisissa digitaalisissa avustajissa (PDA) ja netbook-tietokoneissa.
Alkuperäinen UNIX® -käyttöjärjestelmä kehitettiin American Telephone and Telegraph Companyn (AT&T) palveluksessa vuonna 1969. 1970 -luvulla AT&T lisensoi käyttöjärjestelmän ja sen lähdekoodin monille kaupallisille yrityksille sekä Yhdysvaltain hallitukselle ja oppilaitoksille. AT&T: n ulkopuolella on kehitetty monia muunnelmia, osittain johtuen reaktioista yhtiön kasvaviin valvonta- ja lisenssimaksuihin. Jotkut näistä vaihtoehdoista noudattavat paremmin 1980- ja 1990 -luvun epävirallisia UNIX® -standardeja kuin toiset. UNIX® on melko laaja termi, ja se liitetään usein samanlaisiin, mutta ei standardoituihin käyttöjärjestelmän versioihin.
Berkeley Software Distribution (BSD) on kilpaileva UNIX® -versio, joka on kehitetty Kalifornian yliopistossa Berkeleyssä. Ilmainen avoimen lähdekoodin muunnelma 386BSD julkaistiin ensimmäisen kerran vuonna 1992, vuosi sen jälkeen, kun Linus Torvalds aloitti ensimmäisen Linux®-ytimen kirjoittamisen. Useimmat UNIX®-toteutukset eivät ole avoimen lähdekoodin, mikä on suuri ero UNIX®: n ja Linux®: n välillä. UNIX® myydään usein melko rajoittavalla lisenssillä, joka sisältää suuren maksun käyttäjältä tai sivustolta. Sitä vastoin Linux® -järjestelmiä jaetaan yleensä vapaasti lähdekoodin mukaisesti GNU General Public License (GPL) -ehtojen mukaisesti.
Linux® -käyttöjärjestelmä kehitettiin kauan sen jälkeen, kun UNIX® oli kypsynyt. UNIX® ja Linux® jakavat monia samoja käsitteitä, ja kumpikin mukana toimitettu ohjelmisto tarjoaa samanlaisia toimintoja. Linux® -ytimen ja muiden käyttöjärjestelmien suunnittelu ja toteutus eroavat kuitenkin UNIX®: sta. Monet GNU -projektin kehittämistä apuohjelmista, kääntäjistä ja toimittajista jaetaan Linux® -käyttöjärjestelmän kanssa. GNU: n tavoitteena on tuottaa ja ylläpitää UNIX® -yhteensopiva ilmainen ohjelmistojärjestelmä, mukaan lukien ydin.
Torvaldsin luoma Linux® -ydin, joka on jaettu GNU GPL: n ehtojen mukaisesti, on kaikkien Linux® -järjestelmien perusta. Se on yleensä pienempi ja tehokkaampi kuin useimmat UNIX® -ytimet, ja se on suunniteltu alusta alkaen hyvin samanlaiseksi kuin UNIX®. Laiteohjaimet, tiedostojärjestelmät ja muut käyttöjärjestelmän sisäosat ovat kuitenkin aivan erilaisia. UNIX®- ja Linux® -järjestelmät vaativat siksi erilliset ohjaimet kullekin laitteelle, koska ne eivät ole tältä osin yhteensopivia.
Käyttöliittymät ovat usein erilaisia myös UNIX®- ja Linux® -järjestelmien välillä. UNIX® on perinteisesti käyttänyt tekstipohjaista komentorivikäyttöliittymää, joka on saatavana myös Linuxin® kanssa. Monet kehittäjät ovat luoneet monipuoliset graafisen käyttöliittymän (GUI) järjestelmät Linuxille®, joista osa on myös siirretty UNIX®-käyttöjärjestelmään.
Suuri avoimen lähdekoodin kehitysyhteisö tukee ja parantaa jatkuvasti Linux®-ytimiä, GNU-apuohjelmia ja niihin liittyviä ilmaisia ohjelmistoja. Sitä vastoin jokaisella UNIX® -versiolla on yleensä oma pieni erikoistunut kehittäjäryhmä, joista suurin osa työskentelee tietyn UNIX® -toimittajan palveluksessa. UNIX® -tuki on usein saatavilla vain maksullisen tukijärjestelyn avulla myyjän tai kolmannen osapuolen kanssa.