Väitöskirjan ja väitöskirjan välinen ero on suurelta osin asiayhteydellinen, ja lopulta ne voivat olla kaksi melko erilaista ajatusta tai saman käsitteen synonyymeja. Vaikka merkitykset voivat vaihdella alueittain ja jopa eri luokkahuoneissa, yleensä yhtä käytetään yleensä viittaamaan kirjoitukseen tai työhön, joka on tehty perus- tai maisteriohjelmaan, ja toista käytetään viittaamaan työhön tohtorin tutkinto. Väitöskirjan ja väitöskirjan erottamisen ongelma on kuitenkin se, että joillakin aloilla yksi termi viittaa perustutkintoon ja toinen termi väitöskirjatyöhön, ja toisilla alueilla ne ovat päinvastaisia.
Kun pohditaan opinnäytetyön ja väitöskirjan eroa, voi usein olla hyödyllistä tutkia eri alueita ja koulutustasoja. Suuressa osassa Yhdysvaltoja termi “opinnäytetyö” viittaa tyypillisesti pitkään työhön perustutkinto -ohjelmaan tai maisterin tutkintoon, kun taas “väitöskirja” viittaa usein työhön tohtoriohjelmassa. “Opinnäytettä” käytetään usein synonyyminä muiden termien, kuten “essee” ja “paperi”, kuvaamaan melko laajaa kirjoitusta. Opinnäytetyö voi olla myös esseen tai kirjoituksen yksittäinen osa, joka pohjimmiltaan ilmaisee kirjallisen työn keskeisen käsitteen.
Joissakin korkeakouluissa ja yliopistoissa opinnäytetyön ja väitöskirjan välinen ero on yleensä selvästi ilmaistu, koska termiä “väitöskirja” käytetään usein vain viittaamaan väitöskirjaan, joka on valmis suorittamaan filosofian tohtorin (PhD) kaltainen tutkinto. Tämä on yleensä hyvin pitkä työ, jonka suorittaminen kestää usein useita vuosia ja toimii opiskelijan lopullisena kasvatustyönä, ja se antaa yleensä huomattavan panoksen opintoalueelle. Kun raja opinnäytetyön ja väitöskirjan välillä tulee usein vähemmän selväksi, on se, että jotkut koulut todella kääntävät nämä termit ja viittaavat “väitöskirjaan” ja alempiin “väitöskirjoihin”.
Muilla alueilla, kuten Yhdistyneessä kuningaskunnassa, “opinnäytetyö” liittyy yleensä väitöskirjatyöhön ja “väitöskirja” viittaa yleensä alemman tason työhön. Jotkut koulut tai opettajat voivat kuitenkin vaihtaa näitä kahta termiä. Usein on helpointa pitää väitöskirjan ja väitöskirjan merkitykset selkeinä tarkastelemalla kontekstia, jossa termejä käytetään. Usein ihmiset käyttävät myös indikaattoreita, kuten ”pro gradu” ja “väitöskirja” mahdollisten sekaannusten poistamiseksi. Näitä kahta termiä voidaan pitää myös synonyymeinä, ja niitä voidaan käyttää keskenään viittaamaan samaan asiaan, jopa yhdessä yhteydessä.