Ero vakoiluohjelmien ja virustentorjuntaohjelmien välillä voi riippua suuresti kyseisestä ohjelmistosta ja siitä, miten ne on suunniteltu ja kehitetty. Vakoiluohjelmat on yleensä suunniteltu vakoiluohjelmien etsimiseen tietokoneelta ja poistamaan ne. Tämä on melko samanlainen kuin virustentorjuntaohjelmat, jotka on kehitetty etsimään ja poistamaan tai eristämään viruksia tietokoneelta. Vaikka sekä vakoiluohjelmisto- että virustentorjuntaohjelmistot on luotu poistamaan haittaohjelmat, niillä voi olla erilaisia resursseja tämän tyyppisten ohjelmien etsimiseen, mukaan lukien tietokanta eri allekirjoituksista, joihin kullakin ohjelmatyypillä on pääsy.
Riippuen kyseessä olevasta ohjelmistosta, vakoiluohjelmien ja virustentorjuntaohjelmien väliset erot voivat olla vähäisiä tai olemattomia. Vakoiluohjelmat on kehitetty löytämään vakoiluohjelmat tietokoneelta ja poistamaan ne, jotta ne eivät enää aiheuta riskiä tietokoneen käyttäjälle. Vakoiluohjelmat viittaavat tyypillisesti ohjelmiin, jotka voivat päätyä tietokoneeseen ja jotka sitten valvovat toimintaa eri syistä. Tämä voi sisältää näppäinlukijoita, jotka seuraavat käyttäjän tekemiä näppäinpainalluksia ja lähettävät sitten tietueen näistä lyönneistä jollekin toiselle.
Vakoiluohjelmien ja virustentorjuntaohjelmistojen käyttö on yleensä tarkoitettu tällaisten uhkien löytämiseen ja poistamiseen. Erityisesti vakoiluohjelmistot voivat etsiä vakoiluohjelmia tietokoneelta. Tämä tehdään usein käyttämällä vakoiluohjelmien allekirjoitusten tietokantaa, johon tietokoneen ohjelmia verrataan tarkistuksen aikana. Kun vastaavuus löytyy, ohjelma tai tietokoneen käyttäjä merkitsee vakoiluohjelman poistettavaksi.
Virustentorjuntaohjelma etsii tyypillisesti tietokoneelta viruksia, jotka ovat tietokoneeseen asennettuja ja aiheuttavat monenlaisia ongelmia. Tämä voi vaihdella aseman tietojen poistamisesta järjestelmän ylikuumenemiseen ja tietokoneen osien fyysiseen vaurioitumiseen. Virustentorjuntaohjelmat käyttävät tyypillisesti samoja menetelmiä kuin vakoiluohjelmistot, mutta ne voivat sallia vaikeiden ohjelmien asettamisen karanteeniin eikä vain poistamista.
Suurin ero vakoiluohjelmien ja virustentorjuntaohjelmien välillä on se, minkä tyyppistä tietokantaa kukin ohjelma voi käyttää. Vakoiluohjelmissa on yleensä tietue erilaisista vakoiluohjelmien allekirjoituksista, joita käytetään viitteinä, kun taas virustentorjuntaohjelmissa on allekirjoituksia viruksille. Monet kattavat ohjelmat tarjoavat käyttäjille useita työkaluja haittaohjelmien käsittelyyn, usein yhdistämällä sekä vakoiluohjelmia että virustentorjuntaohjelmistoja. Nämä ohjelmat käyttävät yleensä laajaa allekirjoitustietokantaa monentyyppisille haittaohjelmille ja tarjoavat sitten käyttäjälle sopivat työkalut löydettyjen uhkien käsittelemiseen.