Jotkut erot metadonin ja morfiinin välillä ovat niiden puoliintumisaika, hinta ja käyttö. Metadoni ja morfiini eroavat paljon pelkästään sen keston perusteella, koska metadoni kestää vähintään kymmenen kertaa pidempään kuin morfiini. Terveydenhuollon ammattilaiset suosivat joskus metadonia sen suhteellisen alhaisten kustannusten vuoksi. Metadonia suositellaan myös tilanteissa, joissa nykyiset tai entiset huumeidenkäyttäjät tarvitsevat kipulääkkeitä, koska potilaat eivät ole niin nopeasti riippuvaisia siitä.
Metadoni kestää kehossa paljon kauemmin kuin morfiini. Morfiinin puoliintumisaika on kaksi tai kolme tuntia, kun taas metadonin puoliintumisaika on 24 tuntia tai pidempi. Kun keho käsittelee näitä lääkkeitä, ne poistuvat myös eri tavoin. Metadoni poistuu potilaan virtsan kautta, kun taas morfiini kulkee ensin munuaisten ja sappitiehyiden kautta.
Toinen ero metadonin ja morfiinin välillä on se, että metadoni on yleensä paljon halvempaa. Morfiinin tuottaminen on kallista ja sitä on käytettävä suurempia määriä kuin metadonia. Jotkut lääkärit suosivat metadonia tästä syystä, varsinkin kun he käsittelevät taloudellisesti epävakaita potilaita. Lääkitystä on kuitenkin arvosteltu, koska sitä on toisinaan määrätty lievään kipuun. Metadonia ei tule käyttää lievään kipuun eikä satunnaiseen käyttöön, koska yliannostus on suhteellisen helppoa.
Metadonia ja morfiinia käytetään eri tilanteissa. Yleensä metadonia käytetään tilanteissa, joissa morfiini ei ole toiminut tai potilas on käyttänyt huumeita väärin aiemmin. Jos morfiinia annetaan potilaille, jotka ovat kerran käyttäneet huumeita väärin, potilas voi tuntea samanlaisen korkean ja uusiutumisen. Vaikka metadoni voi aiheuttaa vieroitusoireita, jos sitä käytetään pitkään, sen katsotaan olevan turvallisempaa kuin morfiini.
Morfiini on koukuttava huume, minkä vuoksi se on useimmissa paikoissa valvottava aine. Toisaalta, vaikka metadoni voi suorittaa joitain samoja toimintoja, sitä ei pidetä riippuvuutta aiheuttavana. Molemmat lääkkeet ovat usein voimakkaasti hallinnassa, ja säännölliset tarkastukset avohoitopotilailla varmistavat, että lääkkeitä käytetään oikein.
Toisaalta metadonilla ja morfiinilla on paljon yhteistä. Molempia käytetään lievittämään kohtalaista tai voimakasta kipua sen lisäksi, että molemmat ovat saatavana neste- ja kapselimuodossa. Molemmilla kipulääkkeillä voi olla myös hengenvaarallisia sivuvaikutuksia, kuten hidastunut hengitys tai vaikea huimaus. Jos vakavia haittavaikutuksia havaitaan, henkilön on hakeuduttava lääkärin hoitoon mahdollisimman pian. Kumpaakaan lääkettä ei tule ottaa alkoholin kanssa, mikä voi lisätä todennäköisyyttä saada sivuvaikutuksia, kuten huimausta.