Prokaryoottiset ja eukaryoottiset solut ovat kaksi perusmuotoa, joita solut voivat ottaa. Prokaryoottisolut muodostavat yksisoluisia organismeja, kuten bakteereja ja arkeoja, kun taas eukaryoottisolut ovat kaiken muun elämän perusta. Maan evoluution kannalta prokaryoottisolut tulivat ensin ja myöhemmin niiden eukaryoottiset vastapuolet korvasivat ne.
Huomattavin ero prokaryoottisten ja eukaryoottisten solujen välillä on jälkimmäisten kyky muodostaa monimutkainen organismi. Prokaryootit ovat kaikki yksisoluisia organismeja, kun taas eukaryootteja ovat kasvit, sienet ja eläimet. Kyky yhdistää ja tehdä yhteistyötä on mahdollistanut eukaryoottien kehittymisen paljon pidemmälle kuin prokaryootit.
Molemmat solutyypit sisältävät toistensa kaltaisia elementtejä. Molemmat tyypit ovat deoksiribonukleiinihappo (DNA) -pohjaisia organismeja, jotka sisältävät solukalvon, flagellumin, sytoplasman ja ribosomit. Heillä on samanlainen DNA ja samanlainen geneettinen koodi. Yksi ero on se, että prokaryoottien DNA on pyöreä, kun taas eukaryoottien DNA on lineaarinen. Eukaryoottinen DNA sitoutuu histoniproteiineihin muodostaen kromosomeja, kun taas prokaryoottinen DNA ei.
Merkittävin fysiologinen ero prokaryoottisten ja eukaryoottisten solujen välillä on sen puuttuminen todellisesta ytimestä. Ydin sisältää ja käsittelee suurimman osan eukaryoottisolun DNA: sta, ja sen tehtävänä on kontrolloida solujen toimintaa. Ydin on kalvon sisällä, jotta se pysyy erillään muusta solusta. Prokaryootissa on nukleoidikeskus, johon DNA kerätään, mutta siinä ei ole erottavaa kalvoa.
Sisäiset kalvot ovat toistuva ero kahden solutyypin välillä. Eukaryoottisolu on täynnä erillisiä pieniä elimiä, joita kutsutaan organelleiksi. Nämä kalvoon sitoutuneet elementit suorittavat tiettyjä toimintoja solussa ja ovat erillään solun sytoplasmasta. Prokaryooteilla ei yleensä ole organelleja erotettuna sytoplasmasta. Sytoplasma on solun sisällä oleva viskoosi neste.
Vaikka sekä prokaryoottisissa että eukaryoottisissa soluissa on ribosomeja, eukaryoottisolujen ribosomit ovat suurempia ja kehittyneempiä. Ribosomit käyttävät aminohappoja ja ribonukleiinihappoa (RNA) luomaan proteiineja soluun. Prokaryoottinen ribosomi koostuu kolmesta ribosomaalisesta RNA: sta (rRNA) ja noin 50 proteiinityypistä. Eukaryoottinen ribosomi koostuu kuitenkin viidestä rRNA -tyypistä ja noin 80 proteiinityypistä.
Eukaryoottisolut sisältävät erillisen organellin, jota kutsutaan mitokondrioksi, ja kasvisoluissa on myös organideja, joita kutsutaan plastideiksi. Prokaryoottisoluilla ei ole kumpaakaan. Mitokondrioilla ja plastideilla näyttää olevan yhteinen alkuperä. Molemmat näyttävät olevan erillisiä prokaryootteja, jotka ovat absorboituneet eukaryooteihin pysyvässä symbioottisessa suhteessa.
Joitakin yleisiä eroja vaikeuttavat poissulkemiset. Yleensä nämä solut eroavat toisistaan soluseinien yli. Vaikka kaikilla prokaryooteilla on niitä ja useimmilla eukaryooteilla ei, on poikkeuksia. Jotkut prokaryootit ovat kehittäneet primitiivisiä organelleja, mutta yleensä ne puuttuvat.