Yhdisteen ja leikkaavan mikroskoopin välillä on muutamia eroja. Vaikka kutakin näistä työkaluista käytetään suurentamaan mikroskoopin tasolle sijoitettua kohdetta, saavutettavissa oleva suurennus vaihtelee huomattavasti näiden kahden laitteen välillä. Ne on myös rakennettu eri tavoilla lähinnä objektiivilinssien ja silmäkappaleiden suhteen.
Yksi tärkeimmistä eroista yhdisteen ja leikkausmikroskoopin välillä on suurennus, joka voidaan saavuttaa jokaisella näistä työkaluista. Yhdistelmämikroskoopit kykenevät yleensä suurentamaan kohteen 400 kertaa, vaikka ei ole harvinaista löytää yhdistemikroskooppia, joka voi suurentaa kohteen 1,000 kertaa. Leikkaavat mikroskoopit sen sijaan yleensä suurentavat kohdetta vain 40 kertaa tai vähemmän.
Syyt näihin suurennustehon eroihin erottavat myös yhdisteen ja leikkaavan mikroskoopin toisistaan. Yhdistelmämikroskooppeja käytetään yleensä erittäin pienten, suhteellisen ohuiden esineiden, kuten solujen, tarkasteluun. Leikkaavia mikroskooppeja käytetään katsomaan suurempia esineitä, joilla on suurempi syvyys, kuten siitepölyjyviä. Kuten nimestä voi päätellä, leikkaavia mikroskooppeja käytetään myös yleisesti pienten elämänmuotojen, kuten hyönteisten, leikkaamiseen.
Yhdistetyt ja leikkaavat mikroskoopit käyttävät myös erilaisia linssejä. Leikkaavilla mikroskoopeilla on usein vain yksi objektiivilinssi, joka mahdollistaa kohteen suurentamisen tietyllä suurennusalueella, kuten 10-30 tai 20-40 kertaa. Yhdistelmämikroskoopissa on kolme objektiivilinssiä: yksi, joka mahdollistaa kohteen näkemisen suunnilleen samalla suurennuksella kuin leikkaava mikroskooppi, toinen, joka suurentaa suurimmalla teholla, usein 400 kertaa, ja yksi välissä. Yhdistelmämikroskoopin tavoitteet ovat myös paljon lähempänä vaihetta kuin leikkausmikroskoopilla. Leikkomikroskooppien lisätila tilan ja objektin välillä antaa katsojalle tilaa käsitellä kohdetta tutkiessaan sitä.
Toinen ero yhdisteen ja leikkaavan mikroskoopin välillä on se, että leikkausmikroskooppi tehdään aina kahdella silmäkappaleella, jotta katsoja voi katsoa kohdetta molemmin silmin. Tämä mahdollistaa kohteen katsomisen kolmessa ulottuvuudessa. Yhdistelmämikroskoopit puolestaan tehdään usein vain yhdellä okulaarilla. Vaikka on olemassa yhdistelmämikroskooppeja, joissa on kaksi silmäkappaletta, ne antavat katsojalle mahdollisuuden nähdä vain ohut siivu kohteesta, vaikka se olisi kolmiulotteinen, joten yksi silmäkappale yleensä riittää.