Ilmailun lääkärintarkastaja suorittaa fyysisiä tehtäviä mahdollisille tai nykyisille lennonjohtajille ja lentäjille auttaakseen määrittämään, ovatko he kykeneviä suorittamaan heiltä vaaditut tehtävät. Fyysinen sisältää yksityiskohtaisen sairaushistorian hankkimisen ja sen määrittämisen, onko potilaalla terveydellisiä ongelmia, jotka voivat haitata hänen työsuoritustaan tai vaarantaa muita. Ilmailun lääkärintarkastaja toimittaa nämä tiedot ja suosituksen lääkärintodistuslautakunnalle. Henkilö voi suorittaa nämä tehtävät osana säännöllistä harjoitteluaan tai työskennellä lentoyhtiön, lentoaseman tai lentäjän koulutusohjelmassa säännöllisen kliinisen käytännön yhteydessä.
Ensimmäinen osa lääkärintarkastuksen tehtävää on saada potilaalta täydellinen sairaushistoria. Tämä sisältää historian pyytämisen potilaan perusterveydenhuollon lääkäriltä ja potilaan kuulemisen tutkimuksen aikana. Tarvittavat tiedot sisältävät tyypillisesti sukuhistoriaa geneettisistä terveysongelmista, sydänongelmista ja muista lääketieteellisistä huolenaiheista, jotka ovat mahdollisesti siirtyneet potilaalle. Ilmailulääkärin on myös hankittava potilaalta tietoja hänen aiemmista terveysongelmistaan, hänen nykyisestä terveydentilastaan ja nykyisistä lääkkeistä.
Potilaan fyysinen tarkastus on myös osa ilmailulääketieteellistä tarkastajaa. Tämän työn aikana lääkäri testaa potilaan liikealueen, kuuntelee hänen sydäntään ja tarkistaa refleksit. Lisäksi suoritetaan yksityiskohtainen näöntesti, joka tarkistaa potilaan näön ja perifeerisen näkökyvyn.
Kun kaikki tarvittavat tiedot on kerätty, ilmailun lääkärintarkastaja järjestää tiedot myöntävän viraston ohjeiden mukaisesti ja toimittaa ne potilaan puolesta virastolle. Ilmailulääketieteen lääkärin koulutuksen perusteella lääkäri sisältää tyypillisesti tietoja siitä, täyttääkö potilas kaikki hänen pyytämänsä lääkärintodistusluokan vaatimukset. Monissa tapauksissa tutkija toimittaa potilaalle myös kopion raportistaan.
Useimmissa maissa ilmailulääketieteen lääkärin on ylläpidettävä kliinisen lääketieteen käytäntöä suorittaessaan tutkimuksia lentäjille ja lennonjohtajille. Suurin osa ilmailulääkäreistä jatkaa säännöllistä harjoittelua tai työskentelee harjoittelua varten ja tarjoaa palveluja paikallisille ihmisille, jotka haluavat saada lääkärintodistuksen. Joissakin tapauksissa ilmailun lääkärintarkastaja saa sopimuksen lentoyhtiön tai lentäjän koulutuskoulun kanssa ja järjestää lääkärintarkastuksia erityisesti lentoyhtiössä tai koulussa työskenteleville tai mahdollisille lentäjille.