Ihmisen immunologiaan liittyviä kemiallisia esteitä ovat rasvahapot, proteiinit, kehon eritteet ja muut aineet, joilla on luonnollisia ominaisuuksia ja jotka auttavat puolustamaan kehoa sairauksilta tai infektioilta. Tällaisilla aineilla voi olla antimikrobisia ominaisuuksia, alhainen pH tai ne voivat toimia bakteerisolujen hajoamiseen tai epävakauteen. Suurinta osaa näistä esteistä ei ole suunniteltu ensisijaiseksi immuunijärjestelmän puolustukseksi, vaan niillä on pikemminkin sellaisia ominaisuuksia kuin toissijainen toiminto. Harvat ovat olemassa vain puolustusmekanismina immuunijärjestelmää varten.
Ihmiskeholla on monia järjestelmiä mahdollisia uhkia tai infektioita vastaan, mukaan lukien synnynnäinen tai mukautettu immuniteetti, aktiiviset tai passiiviset mekanismit ja anatomiset, humoraaliset tai soluesteet. Kemiallisten esteiden luokittelun kannalta tällaiset mekanismit ovat luontaisia, passiivisia ja kuuluvat anatomisiin esteisiin.
Osana synnynnäistä immuunijärjestelmää tällaiset esteet ovat sisäänrakennettuja syntyessään. Toisin sanoen kehon ei tarvitse mukauttaa immuunijärjestelmää torjumaan infektioita käyttämällä näitä esteitä, koska ne ovat läsnä ennen yksilön ensimmäistä elämänpäivää. Kemiallisten esteiden luokittelu passiivisiksi osoittaa, että immuunijärjestelmän auttaminen on toissijainen tehtävä. Anatomisina esteinä ne ovat läsnä kehon kudosten ulkopuolella solutasolla.
Proteiinit, hapot, eritteet ja entsyymit, jotka muodostavat kemiallisia esteitä, tuotetaan suorittamaan tiettyjä ensisijaisia tehtäviä osana normaaleja tai tahattomia kehon toimintoja. Esimerkiksi keho tuottaa hikeä osana luonnollista jäähdytysjärjestelmää. Hikoilu on myös passiivinen este ihmisen immuunijärjestelmälle, koska sen alhainen pH estää bakteerien kasvua.
Muita puolustusmekanismeja ovat sylki, kyyneleet ja nenän eritteet. Nämä aineet sisältävät sekä lysotsyymiä että fosfolipaasia, aineita, jotka hajottavat luonnollisesti bakteerisolujen ulkoseinän ja solukalvot. Syljen ensisijainen tarkoitus on auttaa ruoansulatusta, jossa kyyneleet ja nenän eritteet auttavat huuhtelemaan vieraita aineita ja pitämään kehon kalvot kosteina. Se, että näillä kemikaaleilla on myös negatiivinen vaikutus uhkaaviin bakteereihin, on enemmän sivuvaikutus kuin ensisijainen tehtävä.
Sisäiset kemialliset esteet suojaavat myös infektioilta, jos bakteereja tai muita uhkia joutuu sisäisiin järjestelmiin tai elimiin. Keuhkojen ja ruoansulatuskanavan proteiineilla, joita kutsutaan defensiineiksi, on antimikrobisia ominaisuuksia, jotka tappavat tiettyjä bakteereja. Muut ruoansulatuskanavan kemikaalit kilpailevat tarttuvien solujen kanssa ravinteista tai kiinnittyvät soluseinämiin nälkään haitallisia tai uhkaavia soluja. Kuten hikirasvahappojen, myös ruoansulatuskanavan kemikaalien pH on alhainen, mikä estää haitallisten bakteerien kasvua kehossa.