Järjestelmäkirjanpitäjällä on kaksi suurta roolia organisaatiossa. Hänen on ensin tarkasteltava ja arvioitava kaikkia yrityksen rahoitusjärjestelmiä, käytäntöjä ja politiikkoja. Tämä määrittää niiden arvon ja tehokkuuden itsenäisinä kokonaisuuksina ja osana koko järjestelmäverkostoa. Tämän analyysin jälkeen hänen on poistettava heikosti toimivat järjestelmät ja käytännöt ja kehitettävä parannetut korvausjärjestelmät.
Järjestelmäkirjanpitäjän menestys riippuu suurelta osin hänen yhdistetystä asiantuntemuksestaan tietotekniikan, kirjanpidon ja taloushallinnon käsitteiden ymmärtämisessä ja soveltamisessa. Tämän taustan avulla hän voi analysoida tehokkaasti järjestelmän suorituskykyä. Arvioinnin jälkeen hän yleensä laatii raportit havainnoistaan ja jakaa ne sopivalle henkilöstölle.
Korvaavien järjestelmien päättäminen voi olla pelottava tehtävä. Järjestelmäkirjanpitäjä neuvottelee usein johtajien ja avainhenkilöiden kanssa heidän järjestelmiensä eduista ja haitoista ennen kuin päättää, miten edetä. Yrityksen koosta ja vaikutusvallasta riippuen hän voi myös keskustella ehdotetuista muutoksista ulkopuolisten toimistojen tai myyjien kanssa määrittääkseen päätösten vaikutukset tavoitteisiinsa ja odotuksiinsa. Hänen tavoitteenaan on varmistaa, että käytössä ovat tehokkaimmat, tarkimmat ja kustannustehokkaimmat järjestelmät.
Järjestelmän kirjanpitäjän on arvioitava huolellisesti monia rahoitusjärjestelmien näkökohtia. Niiden pitkä ja lyhyen aikavälin tehokkuus on avaintekijä, samoin kuin järjestelmän muutokset vaikuttavat kaikkiin yrityksen osastoihin. Jos yksi osasto kärsii toisen toiminnan parantamisen kustannuksella, hänen on punnittava huolellisesti, mikä on molemmille parasta pitkällä aikavälillä. Kirjanpitäjän on tarkastettava kaikki asiakirjojen hallinnan perusominaisuudet ja vaadittava loppukäyttäjäkoulutus. Muita tekijöitä, joita hänen on otettava huomioon, ovat erilaisia tehtäviä, joita järjestelmä voi suorittaa, sen vika- ja käyttökatkotiedot sekä sen, ovatko sen ominaisuudet riittävän elinkelpoisia investoinnin perustelemiseksi.
Kun muutoksista on päätetty ja uudet järjestelmät on otettu käyttöön, järjestelmäkirjanpitäjä seuraa jatkuvasti niiden suorituskykyä ja saa palautetta asianomaisilta osastoilta. Näiden johtajien, esimiesten ja avaintoimijoiden kanssa hän päättää, mitkä järjestelmät ovat onnistuneita ja mitkä tarvitsevat lisätarkistusta, parannuksia tai vaihtoa.
Järjestelmäkirjanpitäjän työ koostuu yleensä monista käynnissä olevista projekteista, kun osastot kehittyvät ja niiden järjestelmiä on muutettava. Hän suorittaa samanaikaisesti säännöllisiä suorituskyvyn arviointeja varmistaakseen, että kaikki rahoitus- ja kirjanpitotoiminnot ovat tarkkoja ja tehokkaita. Teknologian kehittyessä hänen odotetaan edistävän asianmukaista henkilöstöä asiantuntijapalautetta ja palautetta varten.
Koska järjestelmäkirjanpitäjän tehtävät ovat niin vaihtelevia, vaaditaan usein maisterin tutkinto. Joissakin tapauksissa kandidaatin tutkinto kirjanpidosta tai rahoituksesta yhdessä osoitetun menestyksen kanssa järjestelmäanalyysissä tai tietojenkäsittelytieteessä voi olla hyväksyttävää.