Johtava kirjanpitäjä, joka tunnetaan myös nimellä talous- tai hallintotilintarkastaja, vastaa yrityksen rahoista. Hän valvoo kaikkea tulevaa ja lähtevää rahaa, voittoja ja tappioita. Jos jollakin yrityksen sisällä tai sen ulkopuolella on kysyttävää yrityksen varoista tai menoista, häneltä odotetaan vastausta ja todisteiden esittämistä.
Yhtiön rahojen valvonnan lisäksi johtava kirjanpitäjä johtaa yleensä häntä tukevia osastoja. Kirjanpito-, tietojenkäsittely- ja hankintaosastot voivat raportoida kirjanpitäjälle. Johtava kirjanpitäjä tarkistaa säännöllisesti taloudellisia raportteja veroista, osakkeenomistajien maksuista, investoinneista, pankkitoiminnasta, palkanlaskennasta ja eduista. Tarkastuksen jälkeen raportit välitetään asianomaisille osastojen johtajille.
Pienemmässä liiketoimintaympäristössä johtava kirjanpitäjä voidaan vaatia täyttämään kaikki kirjanpito- ja kirjanpitohenkilöstön tehtävät. Tehtäviin voi kuulua kirjanpito menoista ja voitoista sekä asianmukaisten liiketoimien säännöllinen tarkastaminen osastopäälliköiden kanssa. Tuloslaskelmien, pääkirjaraporttien, taseiden, neljännesvuosittaisten ja palkanmaksuraporttien sekä kassavirtalaskelmien laatiminen on joskus osa johtajan kirjanpitäjän työtä pienissä ja keskisuurissa yrityksissä.
Johtava kirjanpitäjä voi myös luoda sisäisiä talous- ja kirjanpitojärjestelmiä. Tämä parantaa hänen kykyään ennustaa tarkemmin ja kehittää vaihtoehtoja voittojen lisäämiseksi tai menojen vähentämiseksi. Ainutlaatuisen järjestelmän kehittäminen voi myös lisätä alan tietämystä, mikä tekee kirjanpitäjästä arvokkaamman hyödyn yritykselle.
Joskus johtavat kirjanpitäjät harjoittavat erikoistuneita keinoja, kuten vero-, kustannus- ja talousarvion kirjanpitoa. Verokirjanpitäjät analysoivat yrityksen verovelkoja ja tutkivat tapoja vähentää niitä, kuten tehdä enemmän vähennyksiä tai sijoittaa verovapaisiin rahastoihin tai turvakoteihin. Kustannuskirjanpitäjät tutkivat tuotantokustannuksia ja kehittävät tapoja leikata kulmia laadusta tinkimättä. Samoin budjettikirjanpitäjät yrittävät kasvattaa voittojaan uudistamalla menotottumuksiaan.
Tässä tehtävässä menestyminen edellyttää esimerkillistä huomiota yksityiskohtiin ja kattavaa ymmärrystä kirjanpitoperiaatteista. Hyvät viestintätaidot ovat toivottavia, koska työ edellyttää yleensä vuorovaikutusta eri osastojen ja ulkopuolisten toimistojen kanssa. Pitkälle kehitetty tietokoneosaaminen ja kirjanpito-ohjelmistojen tuntemus ovat välttämättömiä.
Monet työnantajat ovat valmiita palkkaamaan esimiehen kirjanpitäjän, jolla on vain kandidaatin tutkinto kirjanpidossa tai siihen liittyvällä alalla. Muut työnantajat mieluummin suorittavat kirjanpidon maisterin tutkinnon tai sertifiointiohjelman täydentämisen. Kansalliset ja paikalliset kirjanpito -organisaatiot tarjoavat erilaisia sertifikaatteja ja täydennyskoulutuskursseja johdon kirjanpidosta.