Kirkon sihteeri hoitaa yleensä kaikki kirkon hallinnolliset asiat, puhelimista vastaamisesta tiedotteiden suunnitteluun, kopioiden tekemiseen ja kirjeenvaihtoon. Työ on kuitenkin usein paljon muutakin kuin pelkkää paperityötä ja puhelimien soittamista. Useimpien sihteerien on myös toimittava koko organisaation kasvoina. Perustiedot kirkosta, sen rakenteesta ja uskomuksista ovat usein välttämättömiä, koska sihteeri voidaan kutsua vastaamaan laajoihin kysymyksiin monilta ihmisiltä.
Kirkon sihteerin erityispiirteet riippuvat välttämättä kyseisen organisaation erityispiirteistä. Suurimman osan ajasta kuitenkin hallinnolliset tehtävät muodostavat suurimman osan työstä. Sihteeri johtaa yleensä kirkon etukonttoria. Tähän kuuluu pääkalenterin ylläpitäminen, tapaamisten ajoittaminen ja koko henkilöstön tavoittaminen. Hänen on oltava perehtynyt kirkon ohjelmointiin ja hänen on osattava ohjata tiettyjä kysymyksiä yleisöltä.
Jossakin määrin kirkon sihteerin on oltava yleinen kirkon resurssi sekä seurakunnille että ulkopuoliselle maailmalle. Sisäpuolella hän on vastuussa kirkon jäsenten yhdistämisestä pastoreihin, ilmoittautumisten hoitamisesta luokkiin ja tapahtumiin sekä julistusten julkaisemisesta ja jakamisesta. Tämä sisältää usein sähköpostitietokantojen sekä painettujen lehtisten ja tiedotteiden hallinnan.
Sihteerien on myös edustettava kirkkoa ja sen ohjelmointia ulkomaailmaan. Uudet tulokkaat, joilla on kysymyksiä palveluista tai tapahtumista, saapuvat yleensä kirkon sihteerin luo ensimmäisenä yhteyspisteenä soittaessaan. Sihteerin on kyettävä kohteliaasti ja rehellisesti vastaamaan kysymyksiin kirkosta ja sen politiikasta. Pastoraalisen neuvonnan ajoittaminen, tosiasioiden tarjoaminen häiden ja hautajaisten suunnittelusta ja vastaaminen kirkon peruskysymyksiä koskeviin kysymyksiin kuuluvat kaikki kirkon sihteerin työkuvaukseen.
Joissakin kirkoissa, erityisesti niissä, jotka ovat erittäin suuria, kirkon sihteeri voidaan määrätä yksittäiselle pastorille tai papille. Tällainen kirkon sihteeri on monin tavoin henkilökohtainen avustaja. Hän johtaa pastorin henkilökohtaista aikataulua ja vastaanottaa ja lähettää kirjeenvaihtoa pastorin nimissä. Sihteeri on vuorovaikutuksessa muiden kirkon henkilökunnan jäsenten kanssa ja ottaa toisinaan vastaan yleisempiä tehtäviä, kuten auttaa viikoittaisten uutiskirjeiden laatimisessa, mutta viettää suurimman osan päivistä vain yhden henkilön palveluksessa. Tämän rakenteen omaavat kirkot palkkaavat yleensä useita sihteereitä: usein yhden jokaiselle ylimmän johdon jäsenelle ja yhden tai useamman istumaan vastaanotossa ja käsittelemään yleisempiä kysymyksiä.
Kaikkien sihteerien on yleensä työskenneltävä yhdessä johdonmukaisuuden ylläpitämiseksi sekä tiedotuksessa että tehtävien hallinnassa. Tämä koskee yhtä paljon suuria kirkkoja, joissa on useita sihteereitä, kuin pieniä kirkkoja, joissa eri osa-aikaiset hallinnolliset avustajat työskentelevät yhdessä työn kattamiseksi. Kirkon toimisto on erottamaton osa useimpia kirkon organisaatioita, ja sihteerien ensisijaisena tehtävänä on varmistaa, että toimisto on tehokas, vaikuttava ja avulias.