Kokki on tärkeä askel kaikkien juustoleipien leivonnassa. Se on kokoelma luonnonvaraisia hiivoja, jotka on kerätty asettamalla jauhot ja vesiseos käymään. Tämä fermentoitu seos tunnetaan kokkina, alkupalana, sienenä tai poolina alueellisista mieltymyksistä riippuen. Seoksen paloja käytetään leivän valmistamiseen, kun taas loput syötetään hiivapesäkkeen hengissä pitämiseksi. Jotkut leipomot ovat käyttäneet samaa kokkia hapantaikinaleipiinsä satoja vuosia ja tuottaneet johdonmukaista ja joskus kuuluisaa hapanleipää.
Useimmat hapatetut leivät käyttävät hiivaa hapatteena. Koska hiiva syö leipätaikinan tärkkelyksiä ja sokereita, se muodostaa sivutuotteena hiilidioksidia ja saa leivän kohoamaan. Tämä nousu tekee leivästä kevyen ja pörröisen, eikä raskaan tai lohkomaisen. Kokki houkuttelee villihiivaa, joka on ainutlaatuinen alueelle, jolla sitä viljellään. Se myös edistää hyödyllisten bakteerien kasvua, jotka antavat hapanjuurille ja muille alkupaloja valmistetuille leipille ominaisen hapan maun.
Kokin tekeminen vaatii joskus muutaman väärän aloituksen, ja onnistuneen hapanjuuston leivän tuottaminen voi viedä useita leivontayrityksiä. Leipureiden ei kuitenkaan pidä luovuttaa, koska kotitekoisella hapantaikilla on ainutlaatuinen ja ihana maku, ja on melko jännittävää ajatella leivän valmistamista paikallisista villihiivoista.
Kokit alkavat jauhoista ja vedestä sekoitettuna, jolloin muodostuu jäykkä taikina tai taikina, riippuen alueellisista mieltymyksistä. Puoli kupillista jauhoa ja puoli kupillista vettä on peruspohja, ja sama määrä jauhoja ja vettä lisätään säännöllisesti kokin ruokkimiseksi. Monet ihmiset käyttävät mieluummin luomuvilja- tai ruisjauhoja, koska niillä on taipumus pitää enemmän villiä hiivaa. Toiset lisäävät myös esimerkiksi hedelmiä kannustaakseen kokkia käymään nopeammin ja kehittämään ainutlaatuisen maun. Viinirypäleet ja omenat ovat kaksi yleistä hedelmävaihtoehtoa.
Perusseoksen valmistamisen jälkeen aine laitetaan kulhoon ja peitetään liinalla. Se on jätettävä lämpimään paikkaan, yleensä noin 85 celsiusasteeseen (29 celsiusastetta), kunnes se alkaa kuplia, jolloin lisätään lisää jauhoja ja vettä hiivojen syöttämiseksi. Alueellisista hiivapopulaatioista riippuen kokki voi kuplia kahdeksasta tunnista useaan päivään. Se voi tuoksua hieman erikoiselta tässä vaiheessa, mutta älä ole huolissasi.
Seosta tulee syöttää uudelleen noin kahdeksan – 12 tunnin välein noin neljän päivän ajan ensimmäisen ruokinnan jälkeen. Se alkaa tuoksua rikkaalle, terveelliselle ja hiivaiselle, jolloin sitä voidaan käyttää leivän valmistukseen. Osa kokista, yleensä noin yksi kuppi, katkaistaan ja käytetään leivän taikinaan, kun taas loput säästetään. Kokki on ruokittava pysyäkseen hengissä, ja monet kokit pitävät sitä jääkaapissa, mikä hidastaa kasvua tappamatta sitä. Se on yleensä terveellisintä, kun sitä käytetään ja päivitetään usein, mikä vaatii usein paistamista.