Merivoimien lennonjohtaja on vastuussa lentoliikenteen ohjaamisesta ja ohjaamisesta lentotukialuksen tai laivastotukikohdan läheisyydessä. Tyypillisesti laivaston lennonjohtaja muodostaa radioyhteyden vain sotilaslentäjien kanssa, vaikka lennonjohtajat voivat yrittää ottaa yhteyttä siviili -lentäjiin, jotka eksyvät merivoimien ilmatilaan. Siviilivalvojan tavoin sotilasvalvojan on suoritettava korkeakoulututkinto ja läpäistävä laaja työharjoittelu.
Monien maiden merivoimat käyttävät lentotukialuksia laivojen sotilaskoneiden ja muiden lentokoneiden kuljettamiseen eri puolille maailmaa. Lentäjät käyttävät näitä veneitä ja nämä henkilöt ovat vastuussa vihollisen taistelijoiden sieppaamisesta ja tiedustelutehtävien suorittamisesta. Koska merivoimien lentäjät suorittavat usein tehtäviä syrjäisillä valtamerialueilla, lennonjohtajia tarvitaan ohjaamaan ilmaliikenteen virtausta ja varmistamaan, että ilmassa tapahtuvat törmäykset eivät tapahdu. Lisäksi monet merivoimien operaatiot ovat erittäin salaisia, jolloin armeija pyrkii käyttämään laivaston lennonjohtajia siviiliohjainten sijasta, vaikka merilentäjät toimivat kaupallisessa ilmatilassa.
Lentotukialukset ovat jatkuvasti liikkeellä, mikä tarkoittaa, että lentäjät luottavat lennonjohtajiin opastaakseen heidät näille aluksille tehtävien päätyttyä. Lentopaikoihin verrattuna merivoimien fregatteillä on suhteellisen vähän liikkumavaraa, mikä tarkoittaa, että lennonjohtajien on varmistettava, että kannet ovat avoimet ennen kuin lentäjille voidaan antaa lasku. Kuten siviili -lennonjohtajienkin, laivaston lennonjohtajan on otettava huomioon myös sääolosuhteet ennen kuin lentäjille annetaan lupa nousta tai laskea laivaston lentokoneita.
Konfliktitilanteissa laivaston lennonjohtaja valvoo ilmatilaa aluksen tai laivaston tukikohdan ympärillä seuratakseen vihollisen hävittäjiä, jotka voivat uhata merivoimia. Lennonjohtajan on varoitettava merivoimien lentäjiä kaikista tällaisista uhista. Tyypillisesti kullekin lentotukialukselle osoitetaan yksi ohjain; samoilla vesillä liikennöivien alusten lennonjohtajien on oltava yhteydessä toisiinsa varmistaakseen, etteivät alusten koneet törmää. Joissakin olosuhteissa laivaston valvojat voivat myös ottaa yhteyttä ilmavoimien lentäjiin, jos muut sotilasyksiköt tarjoavat ilmansuojaa merivoimien fregatteille.
Yleensä laivaston lennonjohtajan on suoritettava neljän vuoden tutkinto ilmailu- tai avaruustekniikasta tai vastaavasta aiheesta. Kuten muidenkin asevoimien jäsenten, lennonjohtajien on läpäistävä menestyksekkäästi peruskoulutus, ja monissa tapauksissa näiden henkilöiden on vietettävä useita kuukausia tai vuosia merivoimien koulutusakatemioissa ennen kuin he hakevat ohjaajan tehtäviä. Normaalisti vain virkamiehet voivat hakea ohjaajan tehtäviä.