Marsupialisaation kirurginen toimenpide sisältää pysyvän poistumisen luomisen kystaan. Nopea ja suhteellisen yksinkertainen toimenpide vaatii usein vain paikallispuudutuksen. Menettelyyn kuuluu viiltoaukko, joka pidetään auki ompeleilla. Erityisesti Bartholin -rauhasen kystat hoidetaan yleisesti marsupialisaatiomenetelmällä.
Kystat kehittyvät rauhasissa, jos nesteen normaali poistuminen rauhasesta estetään. Tämä lisää kanavan ja rauhanen kokoa, kun rauhasen erittämä neste, kuten tali, jää kiinni ja muodostuu tukoksen taakse. Menettelyyn kuuluu uuden, pysyvän poiston tekeminen nesteelle.
Esimerkki tilasta, jota usein hoidetaan pussieläimellä, on Bartholin -rauhanen kysta emättimessä. Nämä rauhaset sijaitsevat emättimen sisähuulten molemmin puolin. Yleensä niitä ei voi tuntea, mutta rauhasten kystat voivat kasvaa jopa 3 cm: n (1.2 tuuman) kokoisiksi.
Ensin tehdään viilto, joka leikkaa ulomman ihon ja sisäisen kystaseinän. Tämä mahdollistaa sisäisen nesteen poistumisen. Lihakiilto leikataan sitten soikeaksi pois kystan seinämästä ja yllä olevasta ihosta.
Lääkärin on tehtävä aukko pysyväksi, jotta leikkaus ei paranisi takaisin kystaan. Tämä saavutetaan taittamalla leikkauksen sivut taaksepäin ja ompelemalla ne ympäröivään ihoon luodakseen aukon rauhaselle. Jos lääkäri yksinkertaisesti lanssi yhden näistä kystistä tekemällä viillon, jota ei ole ommeltu auki, kysta voi uusiutua.
Marsupialisaation myötä kysta ei yleensä sulkeudu takaisin. Viillon sivujen ompeleet voidaan tehdä biologisesti imeytyvästä materiaalista, joka ei tarvitse poistaa. Ajan myötä ja viilto paranee, haavan sivut pienenevät ja kiristyvät.
Tämä leikkausmuoto vaatii tyypillisesti vain paikallispuudutusta alueelle yleisanestesian sijasta. Bartholin -rauhaskystan tapauksessa lääkäri voi suorittaa sen yleislääkärin vastaanotolla, ja koko toimenpide kestää vain noin 15 minuuttia. Sairaalat voivat myös suorittaa marsupialisaatiotoimenpiteitä. Tämä kystahoidon muoto voi olla ensimmäinen suoritettu tai sitä voidaan käyttää toissijaisena hoitona, jos muut tekniikat eivät ole toimineet tehokkaasti. Samanlainen menettely, jota kutsutaan ikkunaoperaatioksi, on uudempi tekniikka kuin marsupialisaatio, joka sisältää suuremman viillon ja pienemmän riskin sen tukkeutumisesta.