Kun potilas ei voi siirtää munuaiskiviä itse, on aika tehdä munuaiskivileikkaus. Munuaiskivien hoitoon on useita kirurgisia vaihtoehtoja, ja jokainen toimii hieman eri tavalla. Kaikissa tapauksissa potilaan on odotettava viettävänsä vähintään muutaman tunnin sairaalassa ja mahdollisesti muutaman päivän.
Kaikille munuaiskivileikkauksille lääkäri vahvistaa munuaiskivien esiintymisen ennen leikkausta. Potilaan yleinen terveys arvioidaan myös sen varmistamiseksi, että hän on hyvä ehdokas leikkaukseen. Potilaita haastatellaan kaikista lääkkeisiin tai anestesia -aineisiin kohdistuvista reaktioista, ja potilas tapaa yleensä anestesiologin keskustelemaan siitä, mitä odotetaan käytetystä anestesiasta, joka voi vaihdella lievästä rauhoittavasta täydelliseen anestesiaan, jossa potilas on täysin unessa.
Potilaat eivät yleensä voi syödä tai juoda useita tunteja ennen leikkausta, koska he ovat huolissaan anestesiareaktioista. Leikkauksen aikana lääkäri joko rikkoo munuaiskivet tai ottaa ne pois toimenpiteestä riippuen. Kun leikkaus on valmis, potilaalle annetaan lääkkeitä käytetyn anestesian tai rauhoittavan lääkkeen kompensoimiseksi. Leikkauksen jälkeen potilaalle annetaan ennalta ehkäiseviä antibiootteja infektioiden estämiseksi sekä leikkauskohdan hoito -ohjeet.
Vähiten invasiivisessa munuaiskivileikkauksessa, kehonulkoisessa iskuaalto -litotripsiassa (ESWL), lääkäri yrittää rikkoa munuaiskivet kehon ulkopuolelta ääniaalloilla tai sähköisellä impulssilla, jotta potilas voi kulkea kivien läpi itsenäisesti. Tämä menettely sisältää merkkiaineen ja lääketieteellisen kuvantamislaitteen käytön, jotta lääkäri voi määrittää kivien sijainnin.
Ureteroskopia on toinen kirurginen vaihtoehto, joka suoritetaan yleensä yleisanestesiassa. Tässä menettelyssä lääkäri pujottaa laitteen virtsaputkeen ja vetää munuaiskivet ulos tai yrittää rikkoa ne laser -litotripsian laserilla käyttämällä laitteen kameraa nähdäkseen, mitä munuaisissa tapahtuu. Tämä munuaiskivileikkaus voi sisältää tyhjennysputken väliaikaisen sijoittamisen munuaisiin nesteiden nopean tyhjennyksen edistämiseksi leikkauksen jälkeen.
Perkutaaninen nefrolitotomia on invasiivisempi vaihtoehto. Tässä toimenpiteessä lääkäri tekee pienen viillon selkään päästäkseen suoraan munuaisiin, asettamalla lääketieteelliset työkalut viiltoon asetettuun katetriin munuaisten tarkastelua ja munuaiskivien vetämistä varten. Tämä toimenpide suoritetaan myös yleisanestesiassa, ja sen toipumisaika on muutaman päivän.
Kirurgi voi myös päättää avoimesta leikkauksesta munuaiskivien hoitoon. Tämä on erittäin harvinainen valinta, koska useimmat muut kirurgiset tekniikat saavuttavat halutun tavoitteen munuaiskivien poistamiseksi. Avoimella leikkauksella on paljon pidempi toipumisaika, koska se vaatii pitkän viillon luomisen päästäkseen munuaisiin, ja potilaan täytyy elää viemäriputkien kanssa muutaman päivän tai viikon ajan leikkauksen jälkeen.