Useimmissa tapauksissa juurikanavan toipumisaika kestää vain muutaman päivän juurikanavan jälkeen. Lyhyestä ajasta huolimatta potilaan on suoritettava tiettyjä toimenpiteitä estääkseen lisävauriot ja suojatakseen hampaita ja hammashoitoa. Yleensä juurikanavan jälkihoito koostuu kivun tai epämukavuuden hallitsemisesta, harjaamisen ja hammaslangan turvallisen käytön harjoittamisesta sekä hampaan kanssa varovaisuudesta muutaman ensimmäisen päivän ajan. Monet potilaat joutuvat käymään hammaslääkäreillään vähintään kerran ensimmäisen tapaamisen jälkeen, jotta juureen liittyvä täyttö tai kruunu saadaan valmiiksi. Jos potilas kokee kuitenkin voimakasta turvotusta tai kipua juurikanavan jälkeen, hänen tulee varata aika hammaslääkärille mahdollisimman pian, koska kipu voi olla merkki juurikanavan komplikaatioista.
Useimmat potilaat kokevat vain lievää tai kohtalaista epämukavuutta tai kipua juurikanavan jälkeen. Yleensä hammaslääkärit suosittelevat käsikauppalääkkeiden ottamista, mukaan lukien ibuprofeeni tai naprokseeni, kunnes kipu lakkaa. Koska kipua saattaa esiintyä, potilaan on pureskeltava ruokaa huolellisesti tai vältettävä kokonaan hampaan pureskelua. Muita syitä, miksi on tärkeää olla varovainen pureskeltaessa, ovat potilaan saamat hammashoitotyöt, kuten täyte tai kruunu. Hammaslääkärit suosittelevat tyypillisesti niiden antamista levätä vähintään päivän ajan toimenpiteen jälkeen.
Juurikanavan jälkeen potilaan on ehkä ryhdyttävä tiettyihin varotoimiin hampaidensa hoidossa. Hänen tulisi jatkaa säännöllistä harjausaikatauluaan, mutta hänen on ehkä oltava varovainen harjaessaan juurikanavaa sisältävää hammasta. Tämä johtuu siitä, että hammas voi kokea herkkyyttä ja jopa lievää tai kohtalaista epämukavuutta muutaman päivän kuluessa juurikanavan saamisesta. Lisäksi, jos juurikanava sisältää täytteen tai kruunun, potilaan hammaslääkäri voi ehdottaa, että hän odottaa päivän tai kaksi juurikanavan jälkeen ennen kuin hän aloittaa hammaslangan uudelleen. Jos potilas haluaa käyttää valkaisu- tai valkaisuaineita sisältäviä tuotteita, hänen tulee kysyä hammaslääkäriltään, kuinka kauan odottaa juurikanavan saamisen jälkeen.
Useimmat potilaat joutuvat käymään hammaslääkärissä uudelleen juurikanavan jälkeen. Tämä johtuu siitä, että nämä potilaat tarvitsevat joko pysyvän täytteen tai kruunun hampaan peittämiseksi. Useat tekijät määräävät, kuinka kauan juurikanavan jälkeen hammaslääkäri ja potilas odottavat näiden lisätoimenpiteiden suorittamista, mutta koska täyte tai kruunu auttaa suojaamaan heikkenevää hammasta ja piilottamaan värimuutoksia, jotkut potilaat haluavat tehdä ne mahdollisimman pian.
Tietysti on tilanteita, joissa potilas saattaa joutua käymään hammaslääkärissä uudelleen juurikanavan jälkeen komplikaatioiden vuoksi. Suurin osa juurikanavista onnistuu, mutta hammaslääkäri voi tehdä virheen. Hän voi esimerkiksi jättää huomiotta hampaan halkeaman, joka päästää sisään uusia bakteereja ja aiheuttaa infektion juurikanavan jälkeen. Vaihtoehtoisesti hammaslääkäri ei välttämättä pysty poistamaan hampaan alkuperäistä reikiintymistä ja tulehdusta, mikä mahdollistaa sen leviämisen edelleen juurikanavasta huolimatta. Hampaan säästämiseksi tällaisissa tilanteissa hammaslääkäri saattaa suorittaa toisen juurikanavan tai potilas saattaa joutua leikkaamaan endodontisesti.