Mustesuihkutulostusprosessi on huomattavasti vähemmän intensiivinen ja teknisesti kehittyneempi verrattuna lasertulostusprosessiin, mutta itse tulostus tehdään erittäin tarkasti digitaalisten ohjeiden mukaisesti. Mustesuihkutulostusprosessin aloittamiseksi ohjeet on syötettävä tulostimeen digitaalisina signaaleina. Tämä tulee usein yhdistetystä tietokoneesta, mutta jotkut mustesuihkut voivat hyväksyä ohjeita mustesuihkutulostimeen liitetyiltä muistikorteilta tai digitaalikameroilta. Kun paperi on vedetty sisään, mustesuihku alkaa ruiskuttaa mustetta paperille tietokoneen tai laitteen väri- ja kokoohjeiden perusteella. Mustesuihkutulostimissa on vain neljä pääväriä – syaani, magenta, keltainen ja musta (CMYK) – joten värit on usein sekoitettava, jotta useimmat tulosteet saavat oikean värin.
Ennen tulostamisen aloittamista mustesuihkutulostusprosessi alkaa, kun joku syöttää ohjeita tietokoneesta tai laitteesta mustesuihkutulostimeen. Tämä ottaa kuvan tai tekstin ja muuttaa sen digitaalisiksi signaaleiksi ja ohjeiksi. Esimerkiksi tulostettavalla tekstiarkilla on ohjeet siitä, minne mustesuihkutulostimen tulisi tulostaa ja mitkä alueet jätetään puhtaiksi, ja myös ohjeet tekstin väristä. Tiedosto, olipa se sitten sähköinen tai skannerista, muunnetaan tulostimen ymmärtämiksi ohjeiksi.
Kun ohjeet on saatu, mustesuihkutulostus jatkuu, kun mustesuihkutulostin vetää paperin sisään. Paperi vedetään sisään, kunnes se joutuu kosketuksiin mustesuihkutulostussuuttimen kanssa, ja suutin tulostaa musteen paperille. Tämä suutin, joka pidetään hyvin lähellä arkkia, liikkuu edestakaisin. Jokainen kerta aiheuttaa mustetta suihkuttamaan suuttimesta paperille; ruiskutus tapahtuu hyvin pienellä alueella ja viiva on tyypillisesti 5-10 pikseliä korkea.
Mustesuihkutuksen lisäksi paperiarkille mustesuihkutulostusprosessissa on toinen elementti, jota useimmat ihmiset eivät huomaa. Suurimmassa osassa mustesuihkutulostimia on vain neljä mustetta, ja vaikka jokainen muste voi tehdä paljon itse, ne on sekoitettava muiden värien tulostamiseksi. Kun ohjeet tulostettavasta kuvasta lähetetään, ne kertovat mustesuihkutulostimelle, mitä värejä kullekin pikselille tarvitaan, ja tulostin sekoittaa musteet tarpeen mukaan. Usein eri värejä on ruiskutettava vierekkäin, joten mustesuihkutulostimen on myös estettävä värit sekoittumasta.