Sukupuoliarkeologiana tunnettu antropologian haara pyrkii lisäämään ymmärrystämme miesten ja naisten rooleista muinaisissa ihmiskulttuureissa. Tämän arkeologian haaran perustajat väittävät, että sukupuoliarkeologi vaatii korkeampaa näyttöä ennen teorioiden muotoilua tai johtopäätösten tekemistä. Hautauspaikkoja tutkittaessa käytetyt menetelmät voivat sisältää luuston, kemiallisen ja mikroskooppisen analyysin; hautausesineiden perusteelliset tutkimukset; ja vertailevia tutkimuksia muista haudoista. Jotkut uskovat, että sukupuoliarkeologia alkoi feministisestä liikkeestä, ja väittävät, että tutkimus syntyi yrittäessään korostaa naisten roolia ihmiskunnan historiassa. Sukupuoliarkeologian kannattajat väittävät, että perinteiset kulttuuritutkimukset tulkitsevat usein väärin tietoja, jotka perustuvat ennakkokäsityksiin.
Monet yleiset käsitykset antropologisessa tutkimuksessa osoittavat, että miehillä on hallitseva poliittinen, uskonnollinen ja sosiaalinen asema. Sukupuoliarkeologia tutkii mieluummin historiaa fyysisten todisteiden perusteella kuin automaattisesti määrittämällä rooleja biologisten sukupuoliominaisuuksien perusteella. Monet ovat ehdottaneet, että miehet, joiden uskotaan olevan fyysisesti vahvempia kuin naiset, muotoilivat työkaluja ja ottivat vastuun metsästyksestä ja taistelusta, kun taas naiset olivat vastuussa lasten kasvatuksesta, keräämisestä ja tyypillisistä kotitehtävistä. Artefaktien ja luuston todisteiden perusteella tuoreemmat arkeologiset todisteet viittaavat siihen, että joissakin kulttuureissa miehet osallistuivat lasten kasvatukseen ja muihin kotitehtäviin ja että naiset loivat työkaluja.
Muinaiset kulttuurit hautasivat usein miehiä, jotka makasivat oikealla puolella pää itään tai pohjoiseen päin, kun taas naiset sijoitettiin vasemmalle puolelle pää etelään tai länteen. Arkeologit ovat usein luokitelleet jäännösten sukupuolen hautauspaikannuksen perusteella, kunnes sukupuoliarkeologia on syventynyt tekemällä jäännöksille deoksiribonukleiinihappotestit (DNA). Jotkut ruumiit, joiden alun perin uskottiin olevan naisia, olivat itse asiassa miehiä.
Hautausartikkeleiden tutkiminen useissa kulttuureissa paljasti, että jotkut yhteiskunnat uskoivat kolmanteen sukupuoleen tai kahden hengen yksilöihin, jotka toimivat usein kuolevaisia, shamaaneja tai muita arvostettuja uskonnollisia johtajia yhteisössä. Joidenkin tutkimusten aikana koruilla koristeltuja ruumiita pidettiin alun perin naisina. Jatkotutkimukset ovat osoittaneet, että molemmilla sukupuolilla oli koruja joissakin kulttuureissa ja että koristeiden määrä ja sijoitus määrittivät tarkemmin yksilön sukupuolen.
Joissakin yhteiskunnissa naiset saivat aseman ikääntyessään. Sukupuoliarkeologi, joka tutki koko hautausmaata, havaitsi, että tietyissä yhteisöissä ikääntyneinä naisina yhteiskunnat hautasivat heidät ylellisemmillä vaatteilla ja esineillä. Sukupuoliarkeologia havaitsi myös, että eri kulttuurien miehillä ei aina ollut poliittista ja sosiaalista valtaa. Artefaktit ja jäänteet haudassa, joka paljastettiin keskellä Eurooppaa ja päivätty noin 500 eaa., Paljastivat mahdollisen prinsessan hautapaikan. Toinen Koreasta löydetty laaja hauta, joka on vuodelta noin 400 jKr, osoittaa kuningattaren viimeisen lepopaikan.