Soluissa ydintä pidetään perinteisesti solun keskuksena: kokouskeskuksena, jossa tietoja tallennetaan, käsitellään ja jaetaan. Aivorungon ytimet palvelevat samaa tarkoitusta, koska ne ovat keskusverkkoja, joiden kautta hermosolut ja hermot alkavat ja suorittavat tehtävänsä. Aivorungon ytimet ovat siten vastuussa monista tunteista ja toiminnoista, joita ihmiset kokevat päivittäin, mutta joita ei tarvitse tietoisesti ajatella. Jokainen ydin voidaan luokitella joko sensoriseksi tai moottoriseksi.
Aivorunko on aivojen alkeellisin osa. Se sijaitsee pääaivojen ja selkäytimen välissä ja koostuu keskiaivoista, ponsista ja ytimestä. Näiden rakenteiden sisällä on laaja hermoverkko, ja jokainen näistä hermoista alkaa yhdestä tai useammasta aivorungon ytimestä.
Yleensä hermot voivat palvella joko aistinvaraista tai motorista toimintaa. Sellaisina ne joko edistävät ihmisen viittä aistia tai auttavat liikkeitä. Siksi aivorungon ytimiin viitataan joko aistinvaraisina tai motorisina ytiminä riippuen niistä peräisin olevien hermojen luonteesta. Jos hermolla on aistinvaraisia ja motorisia ominaisuuksia, se kiinnittyy sekä aistinvaraisiin että motorisiin ytimiin.
Vaikka aistinvaraisia ytimiä löytyy tyypillisesti aivorungon sivuilta, motoriset ytimet kiinnitetään aivorungon keskelle tai keskelle. Suurin osa näistä ytimistä on kytketty vain yhteen hermoon, mutta joskus yksittäisiä ytimiä voi syntyä useita hermoja.
Aivorungon ytimistä on peräisin 12 kallon hermoa. Nämä hermot suorittavat erilaisia yksittäisiä toimintoja, mukaan lukien silmän liikuttaminen, kasvojen liikuttaminen ja hajujen tai makujen auttaminen. Esimerkiksi okulomotorinen hermo on motorinen hermo, joka vastaa tiettyjen silmälihasten liikkuvuudesta. Tämän hermon ydin tunnetaan okulomotorisena ytimenä. Muita vastaavia hermoja sisältäviä ytimiä ovat seuraavat: abducens -ytimet, trochlear -ytimet, vestibulaariset ytimet ja hypoglossal -ytimet.
Vaikka useimmat aivorungon ytimet on nimetty niiden luomien hermojen mukaan, on olemassa muutamia poikkeuksia. Esimerkiksi Edinger Westphalin ydin sijaitsee okulomotoristen ytimien ympärillä ja siinä on hermot, jotka ovat vastuussa pupillien supistumisesta. Lisäksi hermolla, joka kantaa sekä aistinvaraista että motorista kapasiteettia kasvoihin ja suuhun – kolmoishermolla – on kaksi ydintä: mesencephalic -ydin ja motorinen ydin. Lisäksi monipuolisella vagushermolla on kolme aivorungon ydintä: ydin ambiguus, salamoottorinen parasympaattinen ydin ja yksinäinen ydin. Lisäksi joillakin hermoilla, kuten yksinäisellä ytimellä, on yhteyksiä useampaan kuin yhteen kallon hermoon, eikä niillä siksi ole yhteistä nimeä minkään tietyn hermon kanssa.