Biogeeniset jalokivet ovat biologista alkuperää olevia jalokiviä, jotka on luotu luonnon biologisten prosessien eikä geologisten prosessien avulla. Kyseisestä kivestä riippuen jotkut biogeeniset jalokivet ovat täysin biogeenisiä, kun taas toiset sisältävät luonnon ja geologisten prosessien sekoittumisen: esimerkiksi jalokivilaatuiset fossiilit ovat biogeenisiä mutta myös mineraalisia. Biogeenisten jalokivien arvo vaihtelee huomattavasti helmistä ja laadusta riippuen.
Joitakin tunnettuja esimerkkejä biogeenisistä jalokivistä ovat: helmi, koralli, helmiäinen ja norsunluu. Nämä arvokkaat materiaalit muodostuvat useista organismeista eri tarkoituksiin. Esimerkiksi helmiäiti muodostuu kerrostumien seurauksena, nimeltään helmi, jota käytetään joidenkin meren nilviäisten kuorien laajentamiseen, kun taas norsunluu on eräänlainen hammas, jota esiintyy muun muassa norsuissa ja sarvikuonoissa.
Muut biogeeniset jalokivet, kuten meripihka ja ammoliitti, koostuvat fossiilisista luonnollisista materiaaleista. Meripihkan tapauksessa materiaali on mehua, joka voi myös vangita hyönteisiä ja muita sulkeumia, jotka tekevät tuloksena olevasta helmistä biologisesti mielenkiintoisemman. Ammoliitti on valmistettu fossiilisten ammoniittien jäännöksistä, meren nilviäisistä, jotka uivat valtamerissä miljoonia vuosia sitten. Jotkut ihmiset pitävät kivettyneitä jalokiviä mineraaleina pikemminkin kuin biogeenisiä jalokiviä, koska geologiset prosessit liittyvät niiden muodostumiseen.
Biogeenisten jalokivien ulkonäkö vaihtelee suuresti, kuten yllä olevista esimerkeistä näkyy. Jotkut biogeeniset jalokivet ovat läpikuultavia, joissa on pilkkuja ja sulkeumia, kuten keltainen, kun taas toiset ovat kiinteitä, kuten norsunluun tapauksessa. Värit voivat vaihdella huomattavasti, samoin kovuus. Jotkut biogeeniset jalokivet ovat erittäin hauraita, ja niitä on käsiteltävä huolellisesti ja asetettava huolellisesti, jotta ne eivät halkeile, pilvisty tai rikkoudu, kun taas toiset ovat riittävän tukevia käytettäväksi biljardipalloina.
Arvioidessaan biogeenisten jalokivien laatua ihmisten on tarkasteltava kirkkautta, leikkausta ja väriä, aivan kuten timantteja, ja heidän on myös tarkasteltava ilmeisiä halkeamia, hilseilyä tai muita vaurioiden merkkejä. Asetettujen jalokivien asetusten on oltava lujia ja vakaita, ja hauraiden jalokivien tapauksessa ne on suojattava tai jalokivet on suojattava kovalla kiteellä menetyksen tai vahingoittumisen riskin vähentämiseksi. Biogeenisiin jalokiviin liittyy myös joitain eettisiä kysymyksiä, esimerkiksi norsunluu on erityisen eettisesti haastava, koska norsut ovat saalistaneet laajalle norsunluunsa. Ei ole olemassa sertifiointiohjelmia, jotka vahvistavat biogeenisten jalokivien alkuperän asianomaisille kuluttajille, mikä voi vaikeuttaa eettistä ostamista, ja jotkut ihmiset välttävät kiistanalaisia helmiä, kuten korallia ja norsunluuta, tästä syystä.