Muuntogeeniset viljelykasvit ovat maataloustuotteita, joiden DNA: ta on käsitelty tiettyjen piirteiden, kuten vastustuskyvyn sairauksia, tuholaisia tai rikkakasvien torjunta -aineita, varten. Elintarvikekasveille voidaan myös suunnitella muita toivottavia piirteitä, kuten nopeampi kypsyminen tai lisääntynyt ravitsemuksellinen sisältö. Elintarvikkeiden geneettisestä muuntamisesta kiistellään kiivaasti. Yli 40 maassa, mukaan lukien Euroopan unioni, on tiukat rajoitukset muuntogeenisille elintarvikkeille ja rehuille, kun taas muut maat, kuten Saudi -Arabia, Sri Lanka ja Algeria, ovat kieltäneet geneettisesti muunnettujen kasvien tuonnin ja viljelyn.
Perinteinen elintarvikekasvien jalostukseen kuuluu sellaisten kasvien valitseminen, joilla on hyvät ominaisuudet, kuten parantunut maku, sato tai taudinkestävyys, ja niiden kasvattaminen näiden ominaisuuksien omaavien lajikkeiden luomiseksi. Kun viljelykasveja muokataan geneettisesti, yhden organismin geenit lisätään toiseen organismiin bioteknologisia tekniikoita käyttäen. Esimerkiksi maissi voidaan tehdä vastustuskykyiseksi tietyille hyönteisille lisäämällä geenejä maaperästä peräisin olevista bakteereista, jotka ovat myrkyllisiä näille hyönteisille. Geenejä voidaan myös muuttaa aiheuttamaan niiden tukahduttaminen.
Biotekniikkayritykset väittävät, että muuntogeeniset viljelyt lisäävät elintarviketuotantoa ja suojaavat maailmaa maailmanlaajuiselta elintarviketurvan kriisiltä. He väittävät, että nämä kasvit vähentävät torjunta -aineiden käyttöä, koska niitä ei tarvitse suihkuttaa hyönteisten, sairauksien ja haitallisten rikkaruohojen varalta. Elintarvikekasvien satoja ei voida vain lisätä, vaan niiden ravitsemuksellisia ominaisuuksia sekä makua ja laatua voidaan parantaa.
Ympäristönsuojelijat, tutkijat, lääkärit ja maanviljelijät väittävät, että ihmisillä, maataloudella ja maailmanlaajuisella ekologialla on vielä tuntemattomia seurauksia. Muuntogeenisten kasvien vastustajat huomauttavat, että maailmassa on paljon ruokaa ja että nälänhätä johtuu poliittisista ja taloudellisista voimista. Jotkut rikkaruohot ja muut tuholaiset ovat tulossa vastustuskykyisiksi torjunta -aineille, mikä edellyttää niiden lisääntynyttä käyttöä, ja muokattujen kasvien siitepöly voi saastuttaa luonnollisia ruokakasveja. Maailman terveysjärjestö varoittaa, että geneettisesti muokattu ruoka voi kehittää proteiineja, jotka aiheuttavat uusia ruoka -allergioita ja antibioottiresistenssiä.
Maatalouden biologista monimuotoisuutta uhkaa geenimuunneltujen siementen lisääntynyt käyttö, mikä lisää todennäköisyyttä kasveille, jotka eivät voi vastustaa tauteja ja tuholaisia. Yhdysvaltain maatalousministeriö raportoi, että vuonna 2009 88 prosenttia puuvillasta, 91 prosenttia soijapavuista ja 85 prosenttia Yhdysvalloissa kasvatetusta maissista on geneettisesti muokattuja. Näitä siemeniä tuottavilla yrityksillä on patentteja, mikä antaa näille aloille mahdollisuuden hallita jopa 75 prosenttia kaikista Yhdysvalloissa myydyistä jalostetuista elintarvikkeista