Monissa sairaaloissa ja lääkäritoimistoissa suositellaan voimakkaasti mietoon puhdistukseen tai antibakteeriseen liuokseen kyllästettyjen erityisten paperipyyhkeiden käyttöä. Nämä paperipyyhkeet tunnetaan käsipyyhkeinä, ja ne ovat erityisen suosittuja aina, kun työskentelemme tarttuvien tai tartunnan saaneiden potilaiden ympärillä. Käsipyyhkeiden pitäisi tappaa riittävästi bakteereja ja poistaa riittävästi epäpuhtauksia, jotta estetään siirtyminen potilaiden ja vierailijoiden välillä. Käsipyyhkeitä voidaan käyttää myös henkilön käsien puhdistamiseen likaisten tai steriloimattomien lääkinnällisten laitteiden käsittelyn jälkeen.
Käsipyyhkeiden käyttö ei kuitenkaan täysin korvaa asianmukaisen käsienpesun ja dekontaminaation tarvetta. Potilaan huoneen vierailijat voivat käyttää kertakäyttöpyyhkeitä ennen kuin he koskettavat potilasta tai käsittelevät hänen ruokaaan. Vierailun jälkeen vierailijoiden tulee jälleen käyttää käsipyyhkeitä haitallisten bakteerien tai virusten leviämisen estämiseksi. Lääketieteen ammattilaiset käyttävät myös käsipyyhkeitä elintarvikelaatikoiden tai muiden jätemateriaalien käsittelyn jälkeen.
Käsipyyhkeet ovat suosittuja myös lääketieteellisen yhteisön ulkopuolella. Monet vanhemmat kantavat vedettömiä pyyhkeitä puhdistaakseen hyvin pienten lasten kädet, varsinkin jos asianmukaista pesuhuonetta ei ole heti saatavilla. Vedettömät käsipyyhkeet sisältävät mietoa pesuaineliuosta, kemiallista tuoksua ja nopeasti haihtuvaa nestettä, kuten alkoholia tai glykolia sisältävää tuotetta. Kun pakkaus on avattu, käsipyyhkeiden liuos alkaa haihtua välittömästi, mikä tarkoittaa, että huuhtelua ei tarvita.
Koska nämä käsipyyhkeet voivat kuivua nopeasti, kun ne altistuvat ilmalle, ne on yleensä pakattu muoviautomaatteihin, joissa on ilmatiivis kansi, tai kertakäyttöpakkauksiin, jotka on vuorattu metallikalvolla. Jotkut käsipyyhkeet on suunniteltu sallimaan yhden arkin annostelu, kun toinen arkki vedetään tilalle, aivan kuten ponnahdusikkunan kudosannostelijat.
Ruokailijat, jotka tilaavat tiettyjä rasvaisia tai paistettuja ruokia, kuten paistettua kanaa tai grillattuja kylkiluita, voivat myös löytää yksittäisiä käsipyyhkeitä lautasiltaan. Näiden niin sanottujen “märkäunien” avulla ruokailijat voivat poistaa tahmean tai rasvaisen jäännöksen sormistaan heti syömisen jälkeen, jolloin muodollinen matka pesuhuoneeseen on tarpeeton. Näissä käsipyyhkeissä käytetään myös vedetöntä pesuaineliuosta, joka jättää miellyttävän tuoksun käyttäjän käsiin haihtuessaan.
Tietyt ruokakaupat ja muut vähittäiskaupat voivat myös tarjota asiakkailleen kertakäyttöpyyhkeitä rakennukseen tullessaan. Näillä pyyhkeillä voidaan desinfioida päivittäistavarakaupan kahva ja lastenistuin tai puhdistaa mahdolliset epäpuhtaudet ostoksen aikana. Käsipyyhkeitä löytyy myös monista luokkahuoneista, joissa tartuntataudit ja muut biologiset vaarat ovat yleisiä. Opiskelijoita ja opettajia kehotetaan käyttämään antibakteerisia käsipyyhkeitä, kun he ovat pelanneet yhteisillä leluilla tai käyneet vessassa.