Vaikka täysjyvämuffinit muistuttavat ulkonäöltään pieniä kuppikakkuja, ne ovat leivän koostumukseltaan. Koko vehnämuffinit valmistetaan käyttämällä täysjyväjauhoja valkoisten jauhojen sijasta. Muffinit valmistetaan taikinasta, joka asetetaan yksittäisiin kaareviin muffinssikuppeihin, jotka on päällystetty tarttumattomalla keittosuihkulla ennen paistamista. Useimmat ihmiset mieluummin voittavat täysjyvämuffinsseja, vaikka hilloa, hyytelöä tai säilykkeitä voidaan levittää päälle. Monia muunnelmia täysjyvämuffineista voidaan luoda lisäämällä myös muita ainesosia, tyypillisesti hedelmiä.
Täysjyvämuffinssien valmistamiseksi voidaan yhdistää jauhoja ja täysjyväjauhoja. Muffinssien makean maun saamiseksi monet ihmiset haluavat lisätä tiukasti pakattua ruskeaa sokeria. Ne, jotka noudattavat sokeripitoista ruokavaliota, voivat mieluummin käyttää sokerin korviketta. Kasviöljy ja munat ovat ainesosia, jotka ovat välttämättömiä taikinan muodostamiseksi ja muffinssien kosteuttamiseksi. Leivinjauhe auttaa muffinsseja nousemaan kunnolla paistamisen aikana.
Erilaisia kotitekoisia vehnämuffinsseja ovat illallismuffinit tai jälkiruokamuffinit. Jälkiruokamuffinit tarjoillaan tyypillisesti hillon tai voin kanssa. Jälkiruoaksi lisäaineet voivat kuitenkin antaa täysjyvämuffineille rikkaamman ja makeamman maun. Jälkiruokamuffinit valmistetaan tyypillisesti ainesosista, kuten tuoreista hedelmistä tai jopa puolimakeista suklaalastuista.
Lasten suosiossa ovat suklaamurut, täysjyvämuffinit. Näitä muffinsseja voidaan tarjoilla jälkiruokana, välipalana tai lounaslaatikkona. Koko vehnästä valmistetut suklaamurssimuffinit voidaan valmistaa puolimakeista leipurin suklaalastuista tai maitosuklaalastuista. Munien, leivinjauheen ja kasviöljyn lisäksi voidaan lisätä muita ainesosia, kuten rakeista sokeria ja vaniljauutetta.
Omena -kaneli -vehnämuffinit ovat suosittu valinta välipaloiksi ja jälkiruokiksi. Vehnämuffinsien valmistuksessa käytettyjen perinteisten ainesosien lisäksi tämä resepti vaatii jauhettua kanelia ja tuoreita omenoita, jotka on kuorittu ja kuutioitu. Valinnaiset ainesosat, joita monet leipurit pitävät, ovat hienonnettu saksanpähkinä tai silputtu kookos.
Täysjyvämuffinsseja voidaan leipoa useimpien hedelmien kanssa. Tuoreet marjat ovat toinen suosittu valinta vehnämuffinien lisäämiseen. Sekoitetut marjavehnämuffinit ovat terveellisiä, kun ne valmistetaan tuoreista mustikoista, mansikoista ja vadelmista. Koko vehnän persikka -muffinsseja on toinen muunnelma, joka on valmistettu kuutioiksi tuoreista persikoista.
Jotkut haluavat leipoa muffinsseja mikroaaltouunissa säästääkseen aikaa. Perinteinen menetelmä on kuitenkin muffinssien paistaminen perinteisessä uunissa. Vaikka uunit voivat vaihdella, muffinssien paistaminen 350 ° Fahrenheitissa (176 ° C) noin 25 minuuttia riittää yleensä.