Huolimatta monien luonnonmukaisten puutarhureiden toiveista ja hyväntahtoisista ponnisteluista, tulee aika, jolloin hyönteismyrkkyjä on käytettävä poistamaan puutarhakasveja saastuttavia ja tuhoavia vikoja. Monet käyttävät mieluummin luonnollista hyönteismyrkkyä kuin synteettisesti tuotettua kemiallista hyönteismyrkkyä. Rotenoni ja pyrethrum ovat molemmat hyvin tunnettuja ja laajalti käytettyjä kasveista peräisin olevia luonnollisia hyönteismyrkkyjä. Muita luonnollisia hyönteismyrkkyjä ovat nikotiini, neem -öljy ja saippua.
Rotenonia ja pyretrumia käytetään yleisesti luonnollisina hyönteismyrkkyinä. Rotenoni on peräisin Derris-suvun trooppisten ja subtrooppisten kasvien juurista. Rotenoni toimii laajakirjoisena luonnollisena hyönteismyrkkynä, joka myrkyttää sekä kosketuksessa että nieltynä. Rotenonia käytetään tyypillisesti pölynä tai suihkeena, ja vaikka se ei ole myrkyllistä kasveille, se on erittäin myrkyllinen kaloille ja kohtalaisen myrkyllinen lämminverisille nisäkkäille.
Pyrethrum on peräisin Dalmatian krysanteemista ja sitä käytetään pölyssä tai nestemäisessä suspensiossa. Suurina pitoisuuksina se toimii luonnollisena hyönteismyrkkynä hyökkäämällä hyönteisen keskushermostoon. Pyrethrum pieninä pitoisuuksina ei ehkä ole myrkyllinen hyönteisille, mutta se säilyttää kyvyn torjua hyönteisiä. Pyrethrum on myrkyllinen kaloille, mutta vähemmän myrkyllinen nisäkkäille kuin synteettiset torjunta -aineet. Se on biohajoava ja hajoaa helposti altistettuna valolle.
Jotkut luomupuutarhurit suosittelevat saippuan käyttöä, jota on käytetty luonnollisena hyönteismyrkkynä satoja vuosia. Nestemäisen astianpesuaineen, kuten norsunluun, laimentaminen vedellä 1-2% liuokseen, joka voidaan suihkuttaa kasvien peittämiseksi, on todettu tehokkaaksi hyönteisten torjunnassa. Ole kuitenkin varovainen, koska toistuva ja perusteellinen peittäminen suurilla saippuapitoisuuksilla voi vahingoittaa tietyntyyppisiä kasveja. Saippua luonnollisena hyönteismyrkkynä voi olla paljon vähemmän myrkyllistä ihmisille ja eläimille kuin muut vaihtoehdot, mutta se voi myös olla paljon vähemmän tehokas, etenkin tartunnan hoidossa.
Vaikka nikotiini, neem ja muut kasvitieteelliset hyönteismyrkyt, joita ei ole käsitelty tässä, on todettu tehokkaiksi vähäisellä tai kohtalaisella menestyksellä, kaikenlaista luonnollista hyönteismyrkkyä on käytettävä mahdollisimman vähän. Se, että käytät luonnollista hyönteismyrkkyä eikä synteettistä, ei tarkoita, että se olisi vähemmän haitallista eläimille tai ihmisille. Kaikentyyppisten luonnollisten hyönteismyrkkyjen levitys on suoritettava turvallisesti ja vain niin usein kuin on tarpeen hedelmien tai vihannesten terveen sadon ylläpitämiseksi.