Metanogeenit ovat eräänlainen mikro -organismi, joka tuottaa metaania aineenvaihdunnan sivutuotteena hyvin alhaisen hapen olosuhteissa. Niitä esiintyy usein soissa, suoilla ja muilla kosteikoilla, joissa niiden tuottamaa metaania kutsutaan ”suokaasuksi”. Metanogeeneja esiintyy myös joidenkin eläinten, myös lehmien ja ihmisten, suolistossa, joissa ne vaikuttavat ilmavaivojen metaanipitoisuuteen. Vaikka metanogeenit luokiteltiin aikoinaan arkeobakteereiksi, ne luokitellaan nykyään arkeioiksi, jotka eroavat bakteereista.
Jotkut metanogeenityypit, mukaan lukien Methanopyrus -suvun lajit, ovat ekstremofiilejä, organismeja, jotka kukoistavat olosuhteissa, joissa useimmat elävät asiat eivät pystyisi selviytymään, kuten kuumia lähteitä, hydrotermisiä tuuletusaukkoja, kuumaa aavikkomaata ja syviä maanalaisia ympäristöjä. Muut, kuten Methanocaldococcus -suvun, ovat mesofiilejä, mikä tarkoittaa, että ne menestyvät parhaiten kohtuullisissa lämpötiloissa. Methanobrevibacter smithii on merkittävä suoliston metanogeeni, jossa se auttaa sulattamaan polysakkarideja tai monimutkaisia sokereita.
Metanogeenit ovat joko sauvan muotoisia tai pallomaisia. Ne eivät kuitenkaan muodosta monofyyttistä ryhmää, mikä tarkoittaa, että kaikki metanogeenit eivät koostu yhdestä esi -isästä ja kaikista sen jälkeläisistä. On yli 50 lajia, jotka kaikki kuuluvat Archaea -alueeseen. Metanogeenit eivät vaadi happea, ja joissakin tapauksissa ne eivät voi edes selviytyä hapessa, vaikka ne saattavat sietää sen läsnäoloa pitkiä aikoja.
Metanogeenit ovat hyvin monipuolinen ryhmä. He käyttävät hiililähdettä, kuten hiilidioksidia tai asetaattia, edistääkseen aineenvaihduntaansa, nimeltään metanogeneesi, sekä vetyä pelkistävänä aineena. Siksi niiden ekologinen etu on poistaa ylimääräinen vety ja hiili anaerobisista ympäristöistä. Metanogeeni, joka metaboloi hiilidioksidia, luokitellaan vetyotrofiseksi, kun taas asetaattia metaboloivia kutsutaan asetotrofiseksi tai asetiklastiseksi.
Metanogeenit suorittavat tärkeän ekologisen tehtävän auttamalla poistamaan hiilidioksidia ympäristöstä. Ne tekevät sen kuitenkin huomattavalla hinnalla, koska metanogeneesiprosessi tuottaa myös metaania, jonka maapallon lämpenemispotentiaali on 21 kertaa suurempi kuin hiilidioksidin. Tämä vaikutus voidaan onneksi korvata käyttämällä metaania biopolttoaineena.