Molekyylisillä elintarvikkeilla tarkoitetaan yleensä mitä tahansa luonnollista ruokaa, joka on kasvatettu siemenistä, joille on tehty tarkoituksellinen molekyylitekniikka. Usein siemeniä muutetaan niin, että tuloksena oleva kasvi on vähemmän altis useille tekijöille, jotka voivat vahingoittaa satoa. Molekyylisiä elintarvikkeita voidaan myös muuttaa tietyn tuotteen maun lisäämiseksi tai yksinkertaisesti keinona varmistaa terve sato ja korkea sato.
Suurin osa elintarvikkeiden muuttamiseen käytetyistä toimenpiteistä liittyy kasvin kovettamiseen. Suunniteltu ruoka kestää paremmin huonoja sääolosuhteita, kuten kuivuutta tai liiallista auringonvaloa. Molekyylipitoiset elintarvikkeet voivat myös kestää homeita, kirppuja ja muita kasvisairauksia, jotka voivat aiheuttaa sadon epäonnistumisen. On jopa esimerkkejä muutetuista elintarvikkeista, jotka on suunniteltu erityisesti vastustamaan monenlaisten hyönteisten tartuntaa.
On myös esimerkkejä molekyylipitoisista elintarvikkeista, joiden maku tai aromi on voimakkaampi kuin vastaavilla lajikkeilla. Parannettu maku ja tuoksu ovat usein toivottavia käytettäväksi jäädytettyjen tai säilykevihannesten kanssa, koska niillä on taipumus säilyttää enemmän makua kypsennyksen jälkeen. Molekyylisiä elintarvikkeita voidaan myös suunnitella säilyttämään enemmän väriä ruoanlaiton aikana. Tässä tapauksessa lautasen esitys ei ole vain maukas, vaan myös miellyttää silmää.
Joillakin neljänneksillä termiä molekyyliruoka on käytetty viittaamaan ruoanvalmistusmenetelmään eikä itse ruokaan. Esimerkiksi jos käytetään vaihtoehtoa perinteisille kypsennysmenetelmille, kuten fuusiokypsennyksen käyttö, syntyvät astiat voidaan ymmärtää molekyyliruoaksi. Useimmat kulinaariset asiantuntijat kuitenkin ajattelevat molekyyliruokaa geneettisesti muuttuneeksi elintarvikkeeksi eikä ruoaksi, joka on valmistettu ei-perinteisellä tavalla.