Leseet, munat, maito, omenat ja muut terveelliset ainesosat tekevät omenalesemuffineista suositun aamiaisvaihtoehdon, mutta ne voidaan helposti pukea jälkiruoaksi. Omenoiden tyyppi ja määrä voivat vaikuttaa muffinien rakenteeseen, makeuteen ja kirpeyteen. Omenasose on myös yleinen ainesosa. Mielenkiintoisen maun ja koostumuksen luomiseksi monet leipurit käyttävät muffinssien valmistuksessa erityyppisten omenoiden yhdistelmiä. Lisäksi ihmiset, jotka eivät ole erityisen taitavia keittiössä, voivat mieluummin ostaa tavallista lesemuffinisekoitusta ja lisätä siihen kuutioituja omenoita.
Yksi omenalesemuffinien ilmeisimmistä ainesosista on omenat. Omenoita on monenlaisia, ja käytetyillä tyypeillä voi olla suuri vaikutus muffinien makuun ja rakenteeseen. Usein ihmiset käyttävät omenoiden yhdistelmää, jotta muffineissa on miellyttävä sekoitus kirpeää ja makeutta. Yksi yleinen yhdistelmä sisältää kultaiset herkulliset omenat makeuttamiseen ja granny smith -omenat kirpeyden lisäämiseksi. Vaikka useimmat omenat voidaan leipoa helposti, jotkin omenat eivät paistu hyvin, ja niitä käytetään harvoin muffineissa, kuten punaisissa herkullisissa omenoissa.
Omenamuffineissa on yleensä pieniä omenapaloja, mutta jotkut pitävät muffinien rakenteesta parempana, kun käytetään hienoksi jauhettua omenaa. Käytetty omenan määrä riippuu reseptistä. Lisäksi monet ihmiset nauttivat omenasoseen käyttämisestä muffineissaan lisäämään kosteutta. Omenan maun lisäämiseksi ja tekstuurin luomiseksi ihmiset käyttävät toisinaan pieniä ja suuria omenapaloja sekä omenasosetta.
Muffineissa käytetty lesemäärä voi myös muuttaa makua ja rakennetta. Useimmat reseptit vaativat vehnäjauhojen ja leseiden sekoitusta. Vehnälesejauho antaa muffineille luonnollisen terveellisen maun. Jopa valmistaessaan omenalesemuffinsseja kotona, jotkut ostavat lesemuffinsseoksen ja lisäävät vain halutun määrän omenoita. Lisää makua, rakennetta ja terveyshyötyjä lisäämällä myös pähkinöitä muffinitaikinaan.
Ihmiset nauttivat omenalesemuffinssien syömisestä eri vuorokaudenaikoina. Yleisin aika syödä kaikenlaisia muffinsseja on aamiainen, ja omenalesemuffinit tarjoavat yhdistelmän hiilihydraatteja ja hedelmiä, joita monet ihmiset haluavat syödä aamuisin. Monet ihmiset uskovat myös, että omenalese-muffinit ovat erinomainen valinta jälkiruokamuffineiksi. Jotkut ihmiset peittävät muffinssin sokerilla, hunajalla tai kermavaahdolla. Muffinsien tarjoilu karamellisoitujen omenoiden kanssa on myös yleinen illallisen jälkeinen herkku.