Perämoottorin käynnistimiä käytetään suurten moottoreiden pyörittämiseen ja käynnistämiseen helposti. Perämoottorit, jotka on valmistettu samalla tavalla kuin auton käynnistin, käyttävät akkua Bendixin virran kytkemiseen ja käynnistysrenkaan kytkemiseen. Kun keskikokoiset ja pienemmät perämoottorit on varustettu sekä vetoköydellä että sähkökäyttöisillä perämoottorin käynnistimillä, suuremmissa moottoreissa on vain sähkökäynnistimet. Nämä perämoottorin käynnistimet perustuvat tyypillisesti erilliseen omaan akkuun, joka tuottaa sähköä niiden käynnistämiseen. Joissakin perämoottorimalleissa perämoottorin käynnistimet toimivat myös sähkögeneraattorina ja lataavat akkua moottorin käydessä.
Perämoottorit, jotka toimivat generaattoreina, toimivat samalla tavalla kuin tavallisen ruohonleikkurin käynnistysmoottori. Tämän tyyppisessä käynnistysmoottorissa on käyttövaihde, joka pysyy jatkuvasti kosketuksessa käynnistysrenkaan kanssa eikä käytä Bendixiä. Kun käynnistysmoottoriin syötetään virtaa, se pyörii moottoria ympäri, kunnes se käynnistyy. Käynnistyksen jälkeen käynnistysmoottorin sisällä olevat harjat ja johdot saavat jännitteen ja ottavat käyttöön generaattorin tai generaattorin ominaisuudet ja lähettävät virran takaisin sitä lataaville akuille. Lisäksi veneessä oleva säädin kytkee käynnistyslaitteen latauselementin päälle ja pois päältä estääkseen veneen akun ylilataamisen.
Monet pienemmät perämoottorimoottorit käyttävät valinnaista sähkökäynnistintä. Tämän tyyppistä käynnistintä käytetään usein pienellä kytkimellä, joka on asennettu laitteeseen, kuten ohjauskahvaan tai lumilingon kahvaan. Kylmällä säällä nämä valinnaiset perämoottorin käynnistimet ovat erittäin hyödyllisiä pyöritettäessä kylmiä moottoreita. Näitä perämoottoreita on erittäin vaikea vetää käyntiin kylmänä ja ne ovat usein niin vaikeita vetää, että vetoköysi tai kahva todella katkeaa, kun vetokäynnistys yritetään. Sitä vastoin napin painallus pyörittää perämoottorin helposti, kun valinnainen sähkökäynnistin on asennettu.
On äärimmäisen tärkeää, että perämoottorin käynnistykseen käytettävää akkua ei kytketä uistelumoottoriin tai muuhun sähkölaitteeseen yritettäessä antaa niille varavoimaa. Syynä tähän on se, että jos akku tyhjenee, se ei pysty tuottamaan tarvittavaa virtaa perämoottorin käynnistämiseksi. Suuremmilla moottoreilla, joilla ei ole vetokäynnistysominaisuuksia, tämä aiheuttaa todellisen vaaran, että veneilijä joutuu hukkaan. Paras käytäntö on asentaa ylimääräinen akku tarvittaessa ja pitää perämoottorin akun käyttö vain perämoottorin käynnistimessä.