Pohjukaissuolen papillot ovat kohonneita aukkoja, joita löytyy pohjukaissuolesta. Kaksi näistä aukoista on tyypillisesti ohutsuolessa, ja niitä kutsutaan suuriksi ja pieniksi pohjukaissuolen papilloiksi. Sappi ja haiman mehu tulevat ohutsuoleen suuren papillan kautta ruoansulatusprosessin helpottamiseksi. Ohutsuoli koostuu paitsi pohjukaissuolesta myös jejunumista ja ileumista. Se on kiinnitetty vatsaan ja siellä tapahtuu paljon ruoansulatusprosessia.
Suuri papilla sijaitsee pohjukaissuolen laskevassa eli toisessa osassa. Tätä papillaa kutsutaan myös Vaterin papillaksi. Tämä on aukko, jossa haiman mehu ja sappi kulkeutuvat pohjukaissuoleen haiman ja tavallisten sappitiehyiden kautta. Nämä kaksi kanavaa yhdistyvät ja muodostavat ns. Hepatopankreatic -ampullin tai yleisesti Vaterin ampullin. Oddin sulkijalihas, jota kutsutaan Oddin sulkijalihakseksi, säätelee pohjukaissuolen papillan avaamista avaamalla ja sulkemalla, jotta Vaterin ampullista tulevat ruoansulatusmehut pääsevät sisään.
Monilla ihmisillä on myös ns. Pieni pohjukaissuolen papilla, mutta se ei ole läsnä kaikissa. Tämä johtuu siitä, että joillakin ihmisillä on haiman lisävaruste tai Santorinin kanava. Pienen papillan sijainti on jonkin verran suuremman vastineensa yläpuolella ja johtaa myös pohjukaissuoleen. Se voi toimia varmuuskopiona suurelle pohjukaissuolen papillalle, jos se ei toimi kunnolla, mutta se on useimmiten passiivinen tai ei toimi.
Mahdollisia pohjukaissuolen papilloihin liittyviä ongelmia ovat sappikivien aiheuttama tukos. Sappikivet voivat siirtyä sappirakosta ja jäädä papillaan. Tässä tapauksessa haiman mehun ja sapen eritteet estetään pääsemästä pohjukaissuoleen ja voivat aiheuttaa varan. Tästä johtuva haiman nesteen kertyminen voi johtaa haimatulehdukseen tai haiman tulehdukseen. Lisäksi keltaisuutta voi esiintyä sapen varmuuskopioinnista verenkiertoon. Tällaisten komplikaatioiden estämiseksi lääkärit poistavat usein sappikivet kirurgisesti.
Perheen adenomatoottinen polypoosi (FAP) on toinen mahdollinen huolenaihe pohjukaissuolen papilla. Tämä on perinnöllinen sairaus, joka voi jättää mahdollisesti syöpää aiheuttavia polyyppejä papillaan. Polyyppien määrä on usein laaja ja vaatii rutiininomaista sivunäkymän endoskooppista seulontaa sen varmistamiseksi, että niistä ei ole tullut syöpää. Lisäksi biopsiat voivat olla tarpeen, varsinkin jos polyypit näyttävät epätavallisilta tai liian suurilta.