Sekoitetut marjamuffinit sisältävät tyypillisesti erilaisten marjojen seoksen, aivan kuten niiden nimi viittaa. Mustikat, vadelmat ja kirsikat ovat suosituimpia valintoja, mutta mansikat, herukat, karpalot ja karhunvatukat näkyvät myös joissakin sekoituksissa. Näiden muffinsien taikina on yleensä vaniljaa, mutta se voi vaihdella leipurin maun mukaan. Jotkut sekoitetut marjamuffinit voivat sisältää myös erilaisia pähkinöitä ja jopa suklaalastuja.
Erilaisten marjojen määrä sekoitetuissa marjamuffineissa vaihtelee leipureittain, mutta yleinen määrä on kolme. Tämä määrä marjatyyppejä antaa muffineille tavallisesti syvän, monipuolisen maun ilman, että se kuormittaa makua. Jos näihin makeisiin herkkuihin yritetään sisällyttää enemmän kuin kolme marjatyyppiä, maku saattaa muuttua sekavaksi tai ylivoimaiseksi.
Kun valitset, millaisia marjoja laittaa sekoitettuihin marjamuffineihin, on yleensä otettava huomioon kausi ja marjojen maut. Esimerkiksi kesämuffini voi sisältää mansikoita, mustikoita ja vadelmia. Syksyn tai talven muffinssi voi sisältää karpaloita, herukoita ja rusinoita. Pienen riskin ottaminen ja kesän ja talven makujen sekoittaminen voi myös tuottaa herkullisia muffinsseja. Esimerkiksi erittäin makea erä kirsikoita voisi täydentää hapankarpaloiden makua.
Vaikka marjamuffinien taikinapohja on yleensä vaniljaa, tämä ei ole missään tapauksessa kova ja nopea sääntö. Voidaan käyttää suklaataikinaa, vaikka suklaamuffinssien marjojen on yleensä oltava erittäin makeita, jotta vältetään katkera maku suklaan makeuden vieressä. Kirsikat, mansikat ja kuivatut hedelmät toimivat yleensä parhaiten suklaan kanssa.
Muita taikinan makuja on kokeilla sitruuna, appelsiini ja kaneli. Sitrushedelmillä maustetut taikinat voisivat valmistaa herkullisia kesäaamiaismuffineja, kun taas kaneliseosmarjamuffinit voisivat olla juhlallisia talvilomille. Jälleen kerran on valittava marjat huolellisesti kaikkien kolmen taikinalajin osalta. Kirsikat kanelimuffineissa voivat olla houkuttelevasti makeita, kun taas karpalot sitruunataikinassa voivat maistua erittäin hapokas. Tällä tavalla makuja kokeilevien leipureiden täytyy yleensä maistaa sekä taikinaa että marjoja päättääkseen, toimivatko ne hyvin yhdessä.
Jotkut leipurit voivat nauttia pähkinöiden tai siementen mausta sekoitetuissa marjamuffineissa. Sitruunan unikonsiemenet, joissa on mansikoita, mustikoita ja kirsikoita, voivat olla herkullisia ja maukkaita. Kanelipekanipähkinämuffinit, täynnä herukoita, rusinoita ja kuivattuja karpaloita, voivat olla maukas syksyn välipala. Mantelit, jauhetut pellavansiemenet, kurpitsansiemenet ja jopa auringonkukansiemenet antavat usein sekoitettuja marjamuffinsseja ja lisää pähkinän makua.