Suklaakurpitsamuffineissa silputtu kesäkurpitsa ja suklaa yhdistyvät klassisessa muffinssireseptissä, joka on suunniteltu lisäämään kosteutta ja ravintoa muuten perinteiseen herkkuun. Muffinssien pinta-ala on usein alttiina lämmölle paistamisen aikana, mikä joskus johtaa sisäpuolen kuivumiseen, jos ei noudateta erityistä varovaisuutta. Silputun kesäkurpitsan lisääminen muffinitaikinaan on tapa lisätä kosteutta muffiniin ilman, että muut maut voimistuvat tai luodaan ei-toivottua rakennetta. Kesäkurpitsa lisätään tavallisesti reseptin kosteisiin ainesosiin, lisätään sitten jauhoihin ja paistetaan tavalliseen tapaan, jolloin hienoksi jauhettu kesäkurpitsa katoaa melkein kokonaan paistettujen muffinssien joukkoon. Tavallisia mausteita, kuten kanelia ja muskottipähkinää, sisällytetään usein suklaakurpitsamuffinsseihin korostamaan vihannesten hienovaraista makua samalla kun ne yhdistyvät hyvin suklaan makuun.
Kesäkurpitsaa ei tarvitse valmistaa paljon ennen reseptin tekemistä. Se yleensä vain murskataan raastimella pienten, hallittavien jyvien valmistamiseksi. Vuotava neste voidaan lisätä taikinaan lisämakua varten tai se voidaan heittää pois. Terveellisyyteen pyrkivissä resepteissä kesäkurpitsa peitetään joskus pienellä määrällä kiehuvaa vettä, jotta kuiville aineille syntyy kevyempi pohja ja vähennetään kananmunien tai öljyn tarvetta.
Suklaakurpitsamuffinsien märkäosan tyypillisiä ainesosia ovat munat, öljy ja kesäkurpitsa. Terveellisemmät valmisteet korvaavat joskus vähärasvaisen jogurtin öljyn ja voivat käyttää munanvalkuaisia kokonaisten munien sijaan. Valinnaiset ainesosat voivat sisältää vaniljauutetta, kookosmaitoa tai pienen määrän rommia mausteiden korostamiseksi.
Suklaakurpitsamuffinsien kuiva-aineet ovat samankaltaisia kuin klassisten muffinssien ainekset, jopa suhteellisesti. Jauhot, sokeri, suola ja leivinjauhe muodostavat melko standardin pohjan. Kaakaojauhetta käytetään usein lisäämään suklaan makua, vaikka sulatettua suklaata tai siruja lisättäisiin myöhemmin. Mausteisiin on lisätty kaneli, muskottipähkinä ja kardemumma, vaikka ne voidaan jättää kokonaan pois ruoanlaiton maun mukaan.
Kaikki ainekset yhdistetään ja kaadetaan voideltuun muffinivuokaan paistamista varten. Valmiit suklaakurpitsamuffinsit voivat olla yllättävän runsaita ja niiden tulee olla sisältä hyvin kosteat. Kun muffinit rikotaan, kesäkurpitsa voi olla täysin huomaamaton tai se voi näyttää pieniltä läpikuultavilta paloilta. Muffinssien päälle voi laittaa sokeria, pähkinöitä tai vaikka suklaakuorrutetta.