Eläinlääketieteen maailmassa ydinrokotteet ovat rokotteita, joita suositellaan ja joskus jopa vaaditaan. Rokotuskäytännöt monille eläimille, mukaan lukien koirat, kissat ja hevoset, on tyypillisesti jaettu ydin- ja ei-ydinrokotteisiin, jotta eläinlääkärit voivat varmistaa, että potilaat saavat tarvitsemansa rokotteet. Lemmikkieläinten omistajille on hyödyllistä tietää erityisesti, että suositeltu rokote on ydinrokotetta, koska tämä korostaa rokotteen saamisen tärkeyttä yhdessä seurannan tehostajien kanssa.
Kissoilla ja koirilla raivotauti on luultavasti yleisin ydinrokote, koska raivotautia pidetään vakavana riskinä. Kissoilla kissan leukemiavirus (FeLV) on toinen yleinen ydinrokote, erityisesti kissoille, jotka menevät ulos. Muita ydinrokotteita voidaan lisätä rokotusohjelmaan eläimen asuinpaikasta riippuen. Hevosilla sairaudet, kuten unihäiriö, Länsi -Niilin virus ja jäykkäkouristus, sisältyvät yleisesti ydinrokotteiden luetteloihin.
Sitä vastoin ei-ydinrokotteita suositellaan yksinkertaisesti, eivätkä ne välttämättä ole välttämättömiä kaikissa tapauksissa. Tyypillisesti eläinlääkärit käyttävät ammatillisen järjestön antamia alueellisia ohjeita päättääkseen, mitä rokotteita annetaan, ja he voivat keskustella ei-keskeisistä vaihtoehdoista asiakkaidensa kanssa. Jos eläin esimerkiksi lentää paljon, on suositeltavaa hankkia ei-ydinrokotetta bordetellaa varten, joka tunnetaan myös nimellä kennel-yskä, mutta jos eläin pysyy sisätiloissa eikä koskaan astu, bordetella-rokote ei ole tarpeen.
Jotkut maailman alueet edellyttävät erityisesti, että eläimet saavat tiettyjä ydinrokotteita. Yleisin vaadittu rokote on raivotauti, koska halutaan hallita raivotaudin esiintyvyyttä maailmanlaajuisesti. Maissa, joissa raivotautia ei esiinny, kuten Isossa -Britanniassa, kaikkien maahan saapuvien eläinten mukana on oltava paperit, jotka osoittavat, että he ovat saaneet raivotautirokotteen, ja ne on testattu vasta -aineiden läsnäolon varmistamiseksi. Keskustellessaan rokotusvaihtoehdoista eläinlääkäri varmistaa yleensä, että omistajat tietävät, mitkä ydinrokotteet ovat tarpeen ja mitä yksinkertaisesti suositellaan.
Arvioidessaan, mitkä ydinrokotteet olisi sisällytettävä rokoteohjelmaan, virkamiehet suorittavat yleensä kustannus-hyötyanalyysin sen määrittämiseksi, onko rokotteiden hyöty suurempi kuin rokotusten riski. Vaikka rokotukset ovat jatkuvasti turvallisempia, niillä on joitakin terveysriskejä, ja tämä analyysi on suunniteltu ottamaan tämä huomioon. Lemmikkieläinten omistajien tulee aina ilmoittaa rokotteiden haittavaikutuksista mahdollisimman nopeasti sekä tilastollisista syistä että antaa yrityksille aikaa muistaa rokotteet, jos he toteavat, että paljon on vaarantunut.