Peptidit ovat lyhyitä proteiinisekvenssejä. Tarttuvat tai sairautta aiheuttavat organismit käyttävät proteiinia rakenteeseen tai virulenssiin. Peptidirokotteet käyttävät vain osaa organismista herättämään immuunivasteen. Tämäntyyppisellä rokotteella on rokotuksia tartuntatauteja, allergeeneja tai jopa kasvaimia vastaan.
Immuunijärjestelmä tunnistaa yleensä proteiinit, jotka liittyvät tiettyyn sairautta aiheuttavaan organismiin kohdistaakseen sen tuhoamiseen. Näitä tunnistettavia proteiineja kutsutaan antigeeneiksi. Perinteiset rokotteet käyttävät eläviä tai tapettuja organismeja herättämään immuunijärjestelmän vasteen, jotta keho voi tunnistaa vieraan aineen tulevaisuudessa.
Peptidit koostuvat aminohapposekvenssistä, jotka ovat proteiinien rakennuspalikoita. Tutkija tunnistaa ensin organismin osat, kuten influenssa, jotka herättävät immuunijärjestelmän, ja sitten hän selvittää antigeenin sekvenssin. Sitten tiedemies voi rakentaa identtisen peptidin sen antigeenin osaan, joka saa aikaan parhaan immuunivasteen.
Rokotteet aiheuttavat immuunivasteen, kun kehon immuunijärjestelmän solut sitoutuvat ja reagoivat niihin. Peptidirokotteet eivät stimuloi näitä soluja täsmälleen samalla tavalla kuin perinteinen rokote. Esimerkiksi peptidirokote ei aiheuta kateenkorvan tai T-solun reaktiota yhtä paljon kuin muut rokotteet. Tämän torjumiseksi peptidirokote voidaan sitoa kantajaproteiiniin solujen vuorovaikutuksen parantamiseksi. Tutkija voi tarkastella tapaa, jolla solujen reseptorit kiinnittyvät antigeeniin, ja luoda synteettisesti kokoelma peptidejä, joilla on hieman erilaiset sekvenssit sitoutuakseen mahdollisimman moniin soluihin, mikä lisää immuunivasteen vahvuutta.
Peptidirokotteilla on useita etuja perinteisiin rokotteisiin verrattuna. Rokote on vain osa tarttuvaa organismia, joten muista virulenssitekijöistä ja reaktioista organismin muihin osiin ei ole vaaraa. Peptidit valmistetaan helposti ja halvalla synteettisesti, eivätkä ne hajoa helposti. Peptidirokotteiden ongelma on se, että joskus kohde-organismin antigeenisyys johtuu antigeenin kolmiulotteisesta rakenteesta, jota on vaikea toistaa laboratoriossa.
Monet tarttuvat organismit, kuten influenssa, ovat hyvin vaihtelevia, joten perinteinen rokote on ehkä vaihdettava säännöllisesti nykyisen kannan torjumiseksi. Peptidirokote voidaan valmistaa hypervariaabelin viruksen stabiileilta alueilta, jotta sillä olisi vaikutusta erilaisiin mutatoituneisiin kantoihin. Peptidirokotteet voivat myös sisältää joukon antigeenisiä peptidejä kattamaan mahdollisimman laajan valikoiman antigeenejä.
Peptidirokotetta voidaan myös soveltaa säätelemään immuunivastetta allergeeneille ja autoimmuunisairauksille, joissa keho hyökkää vahingossa omia solujaan vastaan. Myös ihmisen immuunikatoviruksen (HIV) peptidirokotteita on tutkittu. Tämän tyyppistä rokotetta voidaan soveltaa myös syövän hoitoon, koska peptidit voitaisiin suunnitella syöpäsoluihin siten, että immuunijärjestelmä tunnistaa ne ja tuhoaa ne.