Sukupuoliterapeutti neuvoo potilaita, joilla on sukupuoli -identiteettiin liittyviä emotionaalisia, sosiaalisia tai psykologisia ongelmia. Nämä terapeutit työskentelevät usein ihmisten kanssa, jotka harkitsevat tai ovat parhaillaan sukupuolen uudelleen tunnistamista. Potilaat voivat käyttää sukupuoliterapeuttia puhuakseen heitä huolestuttavista asioista, auttaakseen selvittämään syyt ja ratkaisut mielenterveysongelmiin, kuten masennukseen, jotka liittyvät sukupuoli -identiteettiin, tai saadakseen neuvoja ystävien puhumisesta ja rakkaansa näistä asioista. Jos sukupuoliterapeutti on myös psykiatri, hän voi myös määrätä lääkkeitä.
Yksi tärkeimmistä asioista, joita sukupuoliterapeutti tekee, on auttaa potilasta käsittelemään sukupuoli -identiteettiin liittyviä kysymyksiä. Potilaat, jotka tunnistavat itsensä vastakkaisen sukupuolen jäseneksi, kokevat usein masennusta ja ahdistusta. He voivat tuntea itsensä sosiaalisesti eristäytyneiksi ja heillä voi olla kielteisiä kokemuksia sukupuolisesta identiteetistään. Tämäntyyppinen terapeutti auttaa usein potilasta oppimaan hallitsemaan tunteita lievittääkseen stressiä ja parantaakseen potilaan mielialaa ja elämänkatsomusta. Jos potilas on masentunut tai hänellä on muita mielenterveysongelmia, terapeutti voi myös hoitaa näitä häiriöitä.
Terapeutti on saattanut saada useita koulutustasoja. Sosiaalityöntekijät tai ihmiset, joilla on jonkinlainen psykologinen koulutus, kutsuvat usein itseään terapeuteiksi, kun he työskentelevät neuvonantajina. Psykologeja ja psykiatreja voidaan kutsua myös terapeutteiksi. Kun psykiatri työskentelee sukupuoliterapiassa, yksi osa työstä voi olla lääkkeen määrääminen potilaalle. Yleisiä sukupuoliterapeuttien määräämiä lääkkeitä ovat masennuslääkkeet, mielialaa parantavat lääkkeet ja hormonaaliset hoidot, jotka auttavat potilasta valmistautumaan sukupuolenvaihtoleikkaukseen.
Potilaat, jotka ovat päättäneet jatkaa sukupuolenvaihdosta, joutuvat neuvomaan. Ennen kuin potilaalle voidaan tehdä tällainen leikkaus, sukupuoliterapeutin on diagnosoitava hänelle sukupuoli -identiteettihäiriö. Tämän diagnoosin saamisen jälkeen terapeutti keskustelee potilaan kanssa vaihtoehdoista ja auttaa häntä määrittämään vähintään kahden vuoden aikana, onko sukupuolenvaihdoleikkaus paras valinta. Yksi tämän tyyppisen terapeutin tehtävistä, joka työskentelee yhden näiden potilaiden kanssa, on suositella menettelyä virallisesti potilaan puolesta. Jos potilas päättää leikkauksen, terapeutti neuvoo potilasta koko sukupuolenvaihdoksen aikana.