Paksusuolen vesiterapiaklinikalla koulutetut ammattilaiset, kuten naturopatit, valmistelevat toimenpiteitä, joiden aikana paksusuola täytetään nesteellä ja tyhjennetään toistuvasti paksusuoleen kertyneen materiaalin huuhtelemiseksi. Tätä varten putki työnnetään peräsuoleen. Putki toimittaa nestettä paksusuoleen. Kun kaksoispiste on täynnä tai täynnä nestettä, hoitoa antava terapeutti voi hieroa asiakkaan vatsaa auttaakseen puhdistusprosessissa. Paksusuolen puhdistamiseen käytettävää nestettä säätelee yleensä lämpötila ja paine koneella, jonka avulla asiakas näkee myös paksusuolesta poistuvan materiaalin.
Jotta prosessi olisi mahdollisimman mukava, paksusuolen vesiterapiaklinikka tarjoaa asiakkaalle yleensä mukavan pehmustetun pöydän. Pöytä muistuttaa yleensä hierontapöytää. Lisäksi jotta putken asettaminen peräsuoleen olisi mahdollisimman mukava, klinikalla on yleensä käsillä luonnollisia tai synteettisiä voiteluaineita, joita käytetään putken pään päällystämiseen. Tällaiset voiteluaineet voivat sisältää neitsytkookosöljyä tai voiteluaineita, joita käytetään muuten seksuaalisen nautinnon parantamiseen.
On tavallista, että paksusuolen vesiterapiaklinikka tarjoaa muutamia nesteitä, joita voidaan käyttää paksusuolen puhdistamiseen. Perusneste, jota voidaan käyttää, on puhdistettu vesi. Jotkut ihmiset haluavat käyttää vettä, johon on lisätty yrttejä, kun taas toiset haluavat käyttää kahvia paksusuolen puhdistamiseen. Paksusuolen vesiterapiaklinikka voi myös tarjota paksusuolen, johon liittyy valkosipulilla infusoidun veden käyttö. Asiakkaat voivat myös pyytää terapeuttia säätämään nesteen lämpötilaa ja painetta istunnon aikana, jotta kokemus olisi mahdollisimman mukava.
Vaikka asiakkaiden on poistettava vaatteet ruumiinsa alaosista, jotta he voivat suorittaa paksusuolen vesiterapiaistuntoja, paksusuolen vesiterapiaklinikka tekee yleensä kovasti töitä saadakseen potilaat tuntemaan olonsa mahdollisimman rennoksi. Ennen vesiterapiaistuntoa asiakkaalle annetaan hoitohuone riisua itsensä tarvittaessa ja maata peiton, lakanan tai pyyhkeen alla. Istunnon hallinnoiva terapeutti voi yleensä suorittaa suurimman osan istunnosta ilman, että asiakkaan tarvitsee paljastaa ruumiinsa alaosan puolta.