Teollinen mikrobiologi, jota joskus kutsutaan bioteknologiksi, käyttää mikroskooppisia organismeja tuotettaessa ja valmistettaessa myyntikelpoisia tuotteita kaupalliseen käyttöön. Tätä asemaa käytetään monien yleisten kotitalousesineiden, kuten puhdistusaineiden, antibioottien ja elintarvikkeiden, luomiseen. Työvaatimukset vaihtelevat vuokra -alan mukaan ja voivat vaatia työntekijöitä tekemään tutkimusta ja kehittämään uusia tuotteita mikrobitekniikan avulla. Mikrobiologeja palvelevat kaikki elintarviketeollisuuden osa -alueet, lääkeyhtiöt ja jätteenkäsittelyjärjestelmät.
Tämän tyyppisessä valmistuksessa yleisesti käytettyjä organismeja ovat sienet, virukset, alkueläimet, bakteerit ja levät. Näitä mikrobeja voidaan käyttää suurempien orgaanisten materiaalien hajottamiseen ja uusien yhdisteiden syntetisoimiseen, koska ne kykenevät käynnistämään uusia kemiallisia reaktioita materiaaleissa, joiden kanssa ne ovat vuorovaikutuksessa. Teollinen mikrobiologi on koulutettu suunnittelemaan nämä reaktiot kontrolloidussa ympäristössä eri tarkoituksiin. Hän voi myös olla kiinnostunut tuotteiden suojaamisesta näiden organismien hyökkäyksiltä. Esimerkiksi antibakteeriset tuotteet ja säilöntäaineet on suunniteltu estämään bakteerien kasvua pinnoilla ja joissakin elintarvikkeissa.
Teollisuuden mikrobiologia palkkaavia toimialoja ovat muun muassa jätehuolto, panimot, leipomot ja lääkkeet. Levät ja bakteerit ruokkivat luonnollisesti orgaanisia ulosteita, ja niitä viedään usein jätteenkäsittelylaitoksiin veden puhdistamiseksi ja suurempien jätemäärien hajottamiseksi. Hiiva on mikroskooppinen elämänmuoto, joka vastaa käymisprosessista, joka luo oluen alkoholipitoisuuden ja suuren osan sen mausta. Tämä kotieläin on myös syy siihen, että leipä, sämpylät ja taikina nousevat, kun niiden annetaan istua ja lämmetä. Actinomycetes -nimisten mikro -organismien käymisprosessin kautta syntyy erityyppisiä antibiootteja.
Nämä bioteknologiat ovat avainasemassa useimpien rokotteiden valmistuksessa. Rokote luodaan tyypillisesti eristämällä tietyt virus -DNA: n osat ja ruiskuttamalla ne terveelle yksilölle. Kehon immuunijärjestelmä analysoi vieraan DNA: n ja alkaa valmistaa vasta -aineita, jotka tuhoavat sen. Kun rokotettu potilas lopulta kohtaa viruksen täydellisen muodon altistumalla tartunnan saaneelle henkilölle, hänen kehonsa on jo valmis taistelemaan sairautta vastaan. Esimerkiksi influenssan viruskanta muuttuu kausiluonteisesti, ja uusi rokote on luotava säännöllisesti jokaisen uuden kannan torjumiseksi, koska se tartuttaa väestöä.
Teollinen mikrobiologi voi olla vastuussa tutkimuksesta, tuotetestauksesta, laadunvalvonnasta, tuotekehityksestä ja geenitekniikasta. Tämä urapolku edellyttää keskiasteen jälkeisen tutkinnon suorittamista luokilla, jotka keskittyvät biologiaan, mikrobiologiaan ja biokemiaan. Jotkut työpaikat edellyttävät myös, että hakijoilla on myös maisterin tutkinto mikrobiologiasta, vaikka tämä ei ole alan standardi.