Lemmikkirottien pitämisessä on hyvin vähän vaaroja, mutta vain jos nämä rotat kesytetään ja pidetään häkeissä. Rotat, jotka ovat koskaan olleet villiä, voivat kantaa useita sairauksia, jotka voivat tarttua ihmisiin. Kun eläimet eivät ole koskaan asuneet luonnossa, taudin saamisen vaarat heiltä lähes poistuvat. Siitä huolimatta ihmisten ei pitäisi käsitellä jyrsijöitä, joilla voi olla sairaus, jos tartuntariski on olemassa.
Vaikka rotat voivat kantaa monia erilaisia sairauksia, lemmikeinä pidetyillä on hyvin harvoin mitään keinoa tarttua niihin. Sairaudet voivat levitä puremien ja naarmujen kautta ja joskus ihokosketuksen kautta. Rotta voi kantaa ihmiselle vaarallisen sairauden ilman mitään oireita, minkä vuoksi on vaikea arvioida, onko eläin turvallinen käsitellä. Paras tapa lemmikin omistajalle välttää sairastumista on pitää rotansa terveinä ja puhtaina.
Rotat, jotka juoksevat vapaasti talossa, ovat paljon vaarallisempia kuin häkeissä pidetyt rotat. Sairauksia voivat kantaa rotan virtsa ja ulosteet, jotka rotat putoavat usein minne tahansa kävelevätkin. Lisäksi koska rotat voivat saada virtsaa ja ulosteita jaloilleen, on mahdollista, että henkilö sairastuu käsittelemällä sitä ja koskettamalla hänen kasvojaan tai ruokaaan pesemättä käsiään.
Lukuun ottamatta sairauksia lemmikkirottien pitämisen vaarat ovat samankaltaiset kuin muiden lemmikkieläinten. Rotat voivat purra tai naarmuttaa, ja ne voivat olla aggressiivisia, jos niitä käsitellään tai nostetaan väärin. Useimmat ovat suhteellisen pieniä, mikä tarkoittaa, että rotan kyky vahingoittaa ihmistä on todennäköisesti pienempi kuin koiran. Siitä huolimatta puremat voivat olla tuskallisia ja voivat saada vakavan tartunnan, joten rotan koskettaminen tai käsittely ei ole hyvä idea, ellei se ole tuttu.
Useimmat huolet rottien lemmikkieläinten pitämisen vaaroista liittyvät villirottien leviämisen historiaan, eivät kotieläiminä oleviin rottiin. Kotieläimet eivät todennäköisesti levitä tauteja, mutta niiden ruokavalio ja luonnollinen käyttäytyminen saattavat jopa tehdä niistä turvallisempia kuin eläimet, kuten kissat ja koirat. Siitä huolimatta eläinlääkärin on tarkastettava rotta, joka näyttää sairaalta tai on ollut luonnossa jonkin aikaa. Kun ne levittävät sairauksia, niillä on taipumus olla vakavia, eikä niitä ole aina helppo diagnosoida, koska ne ovat usein harvinaisia.