AIDS -epidemian alku oli hienovarainen muutos viruksen geneettisessä materiaalissa, jonka ansiosta virus muuttui zoonoosiksi, mikä tarkoittaa, että se voidaan siirtää eläimistä ihmisiin. Luultavasti vuosikymmeniä kestäneen ajanjakson aikana virus tarttui toistuvasti Afrikan kädellisistä ihmisiin, ja lopulta se sai jalansijan ihmisväestöön ja alkoi levitä Afrikan mantereen rajojen ulkopuolelle. Kun tiedemiehet ja lääketieteen ammattilaiset pystyivät yhdistämään kaikki pisteet, AIDS -epidemia oli levinnyt suurelle osalle maailmaa; Vuodesta 2007 lähtien yli 33 miljoonaa ihmistä maailmanlaajuisesti sairastui HIV: hen, joka kehittyy aidsiksi.
AIDS -epidemian alkamisesta on kiistoja, ja jopa nyt tutkijat kokoavat palapelin palasia. On selvää, että HIV -virus on peräisin Länsi- ja Keski -Afrikassa asuvista kädellisistä ja että se tarttui todennäköisesti ihmisiin yhteisöissä, joissa ihmiset syövät kädellisten lihaa. Jotkut tutkijat ovat ehdottaneet, että Afrikan kaupunkien nousu on saattanut myös vaikuttaa AIDSin leviämiseen keskittymällä ihmisväestöön.
Afrikasta AIDS -virus hyppäsi Haitille, ja sitten se alkoi levitä nopeasti eri suuntiin. Gay -lentoemäntä, jota kutsutaan joskus nimellä “Patient Zero”, usein halveksitaan AIDS -epidemian aiheuttamisesta, mutta kaikki todisteet viittaavat siihen, että virus leviää samanaikaisesti useissa yhteisöissä; HIV -viruksella on itse asiassa useita erilaisia ryhmittymiä tai “klodeja”, mikä osoittaa, että sitä ei aiheuttanut yksi henkilö.
Klades ehdottaa myös jotain mielenkiintoisempaa, että HIV ja AIDS ovat luultavasti paljon vanhempia kuin ihmiset ajattelevat. Yleinen tieto AIDS -epidemiasta viittaa siihen, että virus on peräisin 1980 -luvulta, mutta itse asiassa se alkoi levitä todennäköisesti 1930 -luvulla ja kasvoi eksponentiaalisesti, kunnes 1980 -luvulla oli tarpeeksi tapauksia, jotta lääketieteen ammattilaiset ymmärtäisivät, että heillä on epidemia. Ainakin yksi dokumentoitu aids -kuolema on peräisin 1950 -luvulta ja tukee tätä näkemystä.
Kun he oppivat lisää AIDS -epidemian leviämisestä, tutkijat toivovat löytävänsä uusia tekniikoita sairauden hoitoon ja mahdollisesti parantamiseen tai rokotukseen. Esimerkiksi eri kladeja reagoivat hoitoon ainutlaatuisilla tavoilla, mikä kuvaa HIV- ja AIDS -virusten monimuotoisuutta, ja jotkut kladit ovat kohtalokkaampia kuin toiset; vähemmän kuolemaan johtaneet kladit ovat luultavasti vanhempia, koska niiden uhrit olisivat eläneet tarpeeksi kauan taudin leviämiseksi edelleen.