Vaikka munasarjakysta raskauden aikana on melko yleinen, sitä ei yleensä voida hoitaa tavallisilla menetelmillä, koska lääkkeitä ja kasviperäisiä lääkkeitä pidetään usein vaarallisina sikiölle. Onneksi on olemassa luonnollisempia tapoja hoitaa kipua ja auttaa kystaa puhdistumaan. Juominen paljon suodatettua vettä voi auttaa kehoa selviytymään munasarjakystasta, kun taas kuuma pakkaus voi helpottaa tähän ongelmaan usein liittyvää kipua. Leikkaus on yleensä varattu munasarjakystalle raskauden aikana, joka ei näytä menevän pois itsestään, ja sitä harkitaan yleensä vain toisella kolmanneksella. Useimmat lääkärit mieluummin seuraavat kystaa ennen kuin ryhtyvät toimenpiteisiin.
Juominen paljon vettä on yleensä suositeltavaa raskauden aikana, mutta erityisesti silloin, kun kyseessä on kysta. Tämä voi auttaa puhdistamaan kehon ja vähentämään molempien munasarjojen painetta, jolloin kystat voivat joskus poistua itsestään. On kuitenkin suositeltavaa välttää vesijohtovettä ja pullotettua vettä, koska ne voivat joskus sisältää pieniä määriä hormonilääkkeitä, jotka voivat pahentaa kystaa. Siksi suodatettua vettä voidaan pitää luonnollisena tapana parantaa munasarjakystaa raskauden aikana.
Kystien usein aiheuttaman epämukavuuden ratkaisemiseksi voidaan käyttää kuumaa pakkaa, yleensä joko lämmitystyynyn tai kuumavesipullon muodossa. Se on asetettava lantion päälle, joka on usein se alue, joka on herkin, kun munasarjakysta on läsnä. Kuuma pakkaus voidaan kääriä pyyhkeeseen palovammojen välttämiseksi, ja sen jälkeen se voidaan sijoittaa vatsaan munasarjojen paineen poistamiseksi. Tämä toimenpide ei välttämättä poista kipua lopullisesti, mutta se voi auttaa lievittämään epämukavuutta ainakin osan ajasta odottaessaan kystan poistumista.
Jotkut munasarjakystat eivät häviä itsestään, ja ne voivat jopa kasvaa raskauden aikana. Useimmat lääkärit haluavat seurata tarkasti kystaa ultraäänen avulla varmistaakseen, että se on hyvänlaatuinen eikä kasva, ja suosittelevat todennäköisesti vain odottamaan sen poistumista itsestään. Toisaalta jotkut kystat joko kasvavat tai ovat jo suuria aluksi, ja ne on poistettava kirurgisesti. Itse asiassa monet lääkärit haluavat poistaa kystat, joiden halkaisija on yli 2 tuumaa (5.1 tuumaa), koska ne voivat repeytyä tai aiheuttaa paljon kipua naiselle. Jos leikkausta tarvitaan munasarjakystan poistamiseksi raskauden aikana, lääkärit odottavat tyypillisesti raskauden toista kolmannesta, jotta minimoidaan riskit sekä naiselle että sikiölle.