Ennen sairaan kilpikonnan hoitoa on yleensä suositeltavaa, että eläinlääkäri diagnosoi matelijan sairauden asianmukaisen hoidon varmistamiseksi. Sopiva ympäristö, jossa on riittävästi valoa ja lämpöä, nopeuttaa sairaan kilpikonnan paranemista sekä luonnollinen ruokavalio aliravitsemuksen tai vitamiinin puutteen korjaamiseksi. Jos ongelmat johtuvat loisista, eläinlääkäri voi määrätä lääkkeitä. Antibiootit voivat auttaa poistamaan hengityselinten sairauksia, jotka ovat yleisiä aavikkokilpikonnissa.
Merkkejä hengityselinsairaudesta ovat nenäkäytävien liiallinen lima. Vaikeissa tai kroonisissa tapauksissa arpikudos voi kehittyä sairaan kilpikonnan nenän ympärille. Tämä tila vaatii eläinlääkärin hoitoa ja sitä voidaan hoitaa antibiooteilla tai muilla lääkkeillä. Joskus kilpikonna osoittaa hengitysvaikeuksia liikuttamalla päätä ja jalkoja sisään ja ulos kuorestaan, kun hengitystieinfektio on läsnä.
Huonosti hoidettavan kilpikonnan hoito edellyttää asianmukaista koteloa tarvittavan lämmön ja valon tuottamiseksi. Kilpikonna tarvitsee täyden spektrin valoa tai luonnollista auringonvaloa estääkseen sen kuoren pehmenemisen. Kuitumainen osteodystrofia voi kehittyä valon puutteesta tai aliravitsemuksesta. Tämä luusairaus saattaa aiheuttaa kuoreen kehittyneitä osia, joista voi tulla pysyviä. Kotoperäisten kasvien ruokavalio auttaa varmistamaan terveydelle tarvittavan kalsiumin ja fosforin oikean tasapainon.
Kuivumisesta kärsivä kilpikonna voi muuttua passiiviseksi ja levottomaksi. Sen silmät saattavat näyttää upotetuilta ja iho saattaa tuntua kuivalta ja liituiselta. Ripuli, johon liittyy löysä uloste, joka voi sisältää limaa, voi nopeasti aiheuttaa sairaan kilpikonnan kuivumisen. Normaali uloste näyttää kiinteältä, ruskehtavan vihreältä ja muistuttaa pellettejä. Kilpikonna voi myös joskus ohittaa valkoisen tai harmaan ulosteen, mikä on normaalia.
Ruokavalion muutokset voivat korjata vitamiinin puutteen sairaassa kilpikonnassa. Huonon ruokavalion oireita voivat olla vuotava nenä, turvonnut silmät ja epämuodostunut kuori. Väärät ruokavaliot voivat johtaa nestehukkaan ja aliravitsemukseen, mikä voi johtaa munuaisten vajaatoimintaan ja kuolemaan. Matelijoiden omistajat, jotka huolehtivat sairaasta kilpikonnasta, voivat antaa glukoosin, natriumkloridin ja kaliumin liuoksen ongelmien hoitamiseksi. Eläinlääkäriä on kuultava vitamiinin puutteen diagnosoimiseksi ennen lääkkeiden antamista.
Kun kilpikonna heikkenee nestehukasta tai aliravitsemuksesta, se saattaa muuttua alttiimmaksi loisille. Useimmat loiset, jotka tartuttavat sairaan kilpikonnan, eivät tartu ihmisiin, mutta salmonella voi levitä ihmisiin. Loinen sisältävä kilpikonna voi laihtua ja tulla uneliaaksi. Eläinlääkäri voi määrittää, onko loisia läsnä, ja lemmikkieläinten omistajien tulee pestä kätensä, kun he ovat käsitelleet matelijoita loisilla.