Käsidesi toimii korkean alkoholipitoisuuden vuoksi. Se ei kuitenkaan sovellu kaikenlaisen lian tai maaperän puhdistamiseen. Sen soveltaminen voi vaikuttaa myös sen etuihin.
Alkoholi tappaa useimmat bakteerit, ja käsidesi sisältää suuren määrän alkoholia. Kun sitä hierotaan käsiin noin 30 sekunnin ajan, se todella poistaa monia bakteerien muotoja ja myös monia viruksia. Se on osoittautunut erittäin tehokkaaksi joitakin vaarallisia bakteerimuotoja vastaan, kuten metisilliiniresistentti Staphylococcus aureus (MRSA), joka voi aiheuttaa tappavia ja pelottavia lihaa syöviä bakteereja.
Henkilö, joka käyttää käsidesiä, osoittaa myös todennäköisesti hitaampaa bakteerien kehittymistä. Kaikilla ihmisillä on aina bakteereja käsissään. Käsien desinfiointiaineella on taipumus hidastaa käsissä olevien bakteerien kasvua asianmukaisen käytön jälkeen. Se ei ehkä ole yhtä tehokas estämään kaikkia bakteereita, koska jotkut virukset leviävät hengittämällä tartunnan saaneiden henkilöiden nenäpisaroita, kuten tavallista kylmää. Desinfiointiaineen käyttö kouluissa on kuitenkin verrattavissa sairastumisasteiden laskuun ja parempaan läsnäolotietoon.
Toinen syy, että käsidesi voi olla joissain tapauksissa tehokkaampi kuin käsienpesu, on se, että sitä on helpompi ja nopeampi käyttää. Todella tehokas käsienpesu vaatii lämmintä vettä, saippuaa ja vaahdotusta ja hankausta noin kahden minuutin ajan. Käsien desinfiointiainetta voidaan kuljettaa pienissä pulloissa ja kestää noin 30 sekuntia hankausta, jotta saavutetaan monissa tapauksissa samat edut kuin saippualla ja vedellä.
Käsidesi ei kuitenkaan ole tehokas kaikkiin puhdistustarpeisiin. Tietyt bakteerit tekevät sen käytön sairaalaympäristössä tärkeäksi. Se ei kuitenkaan voi tehokkaasti puhdistaa käsiä, kun ne ovat alttiina verelle tai ulosteelle.
Käsien desinfiointiaine ei ole tehokas ruokapalvelualalla, jossa kädet pidetään usein märinä ruoan valmistuksen aikana. Se ei pysty tehokkaasti poistamaan ulosteesta käsistä huonoa käsienpesua kylpyhuoneen käytön jälkeen tai lannassa kasvatettujen vihannesten käsittelystä. Kosketus kehon nesteiden tai lian kanssa vaatii tiukkaa käsienpesua.
Tämä tuote ei myöskään saa korvata käsienpesua sairaalassa tai missään ympäristössä. Yleensä käsidesi tarjoaa parhaan tuloksen, kun sitä käytetään sen jälkeen, kun käsi on pesty perusteellisesti. Tämä pätee erityisesti kylpyhuoneen käytön jälkeen. Monet sairaalat ovat nyt ottaneet käyttöön käytäntöjä, jotka edellyttävät desinfiointiaineen käyttöä potilaiden välillä ja käsien pesua sen neljän käytön jälkeen. Lisäksi aina, kun lääketieteen työntekijä joutuu kosketuksiin kehon nesteiden kanssa, kädet on pestävä sen sijaan.
Käsidesi ei toimi tehokkaasti, jos sitä ei käytetä oikein. Ihmiset tarvitsevat vähintään sentin kokoisen nuken, ja heidän pitäisi pystyä hankaamaan kädet yhteen 30 sekunnin ajan. Jos desinfiointiaine kuivuu lyhyemmässä ajassa, on todennäköistä, että sitä ei käytetty tarpeeksi, ja henkilön tulisi toistaa prosessi.