Tehokkaan organisaatiorakenteen kehittäminen alkaa hyvän ymmärryksen hankkimisesta organisaatiosta. Tämä sisältää yleensä ymmärryksen yrityksen tavoitteista, arvoista ja visiosta. Usein on myös hyödyllistä harkita sellaisia tekijöitä kuin yrityksen yleinen kulttuuri ja historia, jotta voidaan määrittää, mitkä menetelmät toimivat parhaiten. Näiden tietojen perusteella on yleensä mahdollista päättää, pitäisikö organisaation noudattaa perinteisempää johtamismallia vai jakautuuko vastuu parhaiten eri osastojen kesken.
Kun on selvää, miten yritys on tällä hetkellä organisoitu, on suositeltavaa selvittää, mitkä tekijät estävät sen menestystä. Tavoitteena on selvittää, onko nykyinen yleinen hierarkia toimiva vai onko täydellinen uudistus tarpeen tehokkaan organisaatiorakenteen saavuttamiseksi. Esimerkiksi yrityksellä voi olla vaikeuksia pysyä pinnalla, koska sen työntekijät eivät toimi hyvin perinteisen johtajuuden kanssa. Tuottavuus ja tehokkuus voivat nousta, jos rakennetta siirretään siten, että alemman tason työntekijät voivat hallita enemmän työtä.
Kun organisaation tehokkain organisaatiorakenne on määritetty, kyseinen järjestelmä voidaan ottaa asteittain käyttöön yrityksessä. Jos riittävä rakenne on jo olemassa, sitä voidaan hienosäätää maksimaalisen tehokkuuden saavuttamiseksi. Ennen suurten muutosten tekemistä työntekijöille tulee opettaa, miten yrityksen rakenne järjestetään uudelleen ja miksi. Usein on viisasta ottaa työntekijät mukaan tämän rakenteen rakentamiseen, koska heidän kaikkien on tuettava sitä, jotta järjestelmä toimisi kunnolla.
Ulkoiset tekijät voivat myös vaikuttaa tehokkaan organisaatiorakenteen kehittämiseen. Tämä voi sisältää kilpailun, markkinaolosuhteet ja koko talouden tilan. Prosessi, jolla määritetään tehokkain tapa organisoida liiketoiminta, sisältää tyypillisesti jonkin verran tunnustusta näistä tekijöistä. Tämä johtuu pääasiassa siitä, että nämä tekijät voivat muuttaa organisaation luonnetta muuttamalla tapaa lähestyä työtä.
Organisaatiorakennetta voidaan kehittää sekä uusille että olemassa oleville yrityksille. Sitä voidaan käyttää yrityksen suunnitelmana ja integroida perusarvoihin ja tavoitteisiin ennen sen toteuttamista. Organisaatiorakennetta voidaan myös kehittää uudelleen, jotta yritys voi sopeutua talouden ja sisäisen työvoiman muutoksiin. Uudelleenjärjestelyä voidaan käyttää myös yrittämään pelastaa epäonnistunut yritys.