Oikea antibioottiannos riippuu yleensä lääkkeen tyypistä, bakteeri -infektion vakavuudesta ja luonteesta sekä lääkkeen saavan henkilön iästä ja painosta. Määritetyn määrän käyttöä ja koko antibioottikuurin suorittamista pidetään yleensä avaintekijöinä onnistuneessa hoidossa. Antibiootteja käytetään monien bakteerien aiheuttamien terveysongelmien hoitoon, eivätkä ne ole tehokkaita viruksia vastaan. Niitä määrätään myös joskus ennaltaehkäisevänä toimenpiteenä ihmisille, joilla on suuri vakavan bakteeri -infektion riski. Antibiooteilla on useita etuja, mutta on myös joitain sivuvaikutuksia sekä joitain uusia bakteerikantoja, jotka vastustavat antibioottihoitoa.
Kun lääkäri laskee antibioottiannoksen, on ensin harkittava, mikä lääke on paras valinta bakteereja vastaan. Jokaisella antibiootilla on yleiset annostusohjeet lapsille ja aikuisille. Useimmat lääkärit ottavat sitten huomioon infektion vakavuuden sekä yksilön iän, painon ja sairaushistorian saavuttaakseen optimaalisen antibioottiannoksen ja aikataulun. Toinen vaikuttava tekijä on se, haluaako lääkäri hoitaa bakteerisairautta nopeimmalla ja suurimmalla mahdollisella annoksella vai uskooko, että pienempi annos pidemmän ajan kuluessa on paras valinta.
Antibioottihoidon loppuun saattamista määrätyllä tavalla pidetään tärkeänä osana lääkityksen tehokkuutta. Syy oikean antibioottiannoksen noudattamiseen suositellun ajan kuluessa on suhteellisen yksinkertainen. Kun joku lopettaa lääkityksen ottamisen aikaisin, on olemassa suuri riski, että bakteerit eivät eliminoidu kokonaan ja infektio voi uusiutua. Näissä tapauksissa tuloksena oleva infektio voi vaatia suuremman antibioottiannoksen, ja bakteeri -infektion hoitoon tarvittava aika voi olla pidempi.
Toinen harkittava asia on antibioottien mahdolliset sivuvaikutukset. Joitakin yleisiä haittavaikutuksia ovat pahoinvointi, ripuli ja oksentelu. Muut haittavaikutukset, kuten emättimen hiiva -infektiot ja ruoansulatuskanavan ja suun sieni -infektiot, johtuvat yleensä antibioottien mielivaltaisesta luonteesta. Nämä lääkkeet eivät tee eroa hyödyllisten bakteerien ja sairautta aiheuttavien bakteerien välillä, ja ne pyrkivät tappamaan tai estämään kehossa olevien bakteerien kasvua.
Antibioottien liiallisen käytön tai väärän käytön uskotaan olevan merkittävä tekijä lääkeresistenttien bakteerikantojen syntymiselle. Bakteerit, kuten metisilliiniresistentti Staphylococcus aureus (MRSA), ovat osoittautuneet erittäin vaikeiksi hoitaa ja aiheuttaneet merkittäviä ongelmia sairaaloissa. MRSA -kantojen hoidon kulku on haastava, koska useimmat muunnelmat ovat resistenttejä kaikille paitsi muutamille antibiooteille.